PDB-3ruq: Crystal structure of Cpn-WT in complex with ADP from Methanococcu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ruq

タイトル

Crystal structure of Cpn-WT in complex with ADP from Methanococcus maripaludis

要素

Chaperonin

キーワード

CHAPERONE / double-ring / protein folding machinery / group II chaperonin / ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

chaperonin-containing T-complex / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.798 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Kumar, R. / McAndrew, R.P. / Knee, K.M. / Frydman, J. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Mechanism of nucleotide sensing in group II chaperonins.
著者: Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Kumar, R. / Lopez, T. / McAndrew, R.P. / Knee, K.M. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2011年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ruq.cif.gz	771 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ruq.ent.gz	643.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ruq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ruq_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ruq_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3ruq_validation.xml.gz	70.1 KB	表示
CIF形式データ	3ruq_validation.cif.gz	94.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ruq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ruq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rusC 3ruvC 3ruwC 3kfbS 3kfe 3kfk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ruv-1 4v8r-2 7lum-d 3rus-1 4v94-2 6ks6-d 1q3r-1 0758 1a6e-1 1q2v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

235 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
940 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.164, 185.002, 184.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Chaperonin / Cpn 分子量: 58290.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q877G8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月1日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.798→50 Å / Num. all: 68606 / Num. obs: 68465 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KFB

3kfb

解像度: 2.798→48.903 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2153	3207	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1713	-	-	-
obs	0.1735	63541	92.65 %	-
all	-	63541	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 26.378 Å² / k_sol: 0.312 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4956 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.4456 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.798→48.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15484	0	112	58	15654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	15696
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.136	21152
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.49	6008
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.224	2580
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2724

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7981-2.8398	0.3332	125	0.2709	2141	X-RAY DIFFRACTION	77
2.8398-2.8842	0.346	102	0.2716	2312	X-RAY DIFFRACTION	83
2.8842-2.9315	0.3353	118	0.2821	2360	X-RAY DIFFRACTION	84
2.9315-2.982	0.302	121	0.2748	2284	X-RAY DIFFRACTION	82
2.982-3.0363	0.3356	130	0.2593	2381	X-RAY DIFFRACTION	84
3.0363-3.0946	0.3039	134	0.2575	2395	X-RAY DIFFRACTION	86
3.0946-3.1578	0.3778	136	0.244	2461	X-RAY DIFFRACTION	88
3.1578-3.2265	0.3002	141	0.2294	2528	X-RAY DIFFRACTION	90
3.2265-3.3015	0.2703	140	0.216	2615	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3015-3.384	0.2726	135	0.2002	2587	X-RAY DIFFRACTION	93
3.384-3.4755	0.2138	149	0.1939	2653	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4755-3.5777	0.2369	155	0.189	2710	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5777-3.6932	0.2423	160	0.1763	2705	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6932-3.8251	0.2057	132	0.1681	2748	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8251-3.9782	0.2387	152	0.1649	2712	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9782-4.1592	0.1853	149	0.1347	2779	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1592-4.3783	0.159	145	0.1221	2760	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3783-4.6525	0.1657	150	0.1115	2807	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6525-5.0113	0.1495	152	0.1154	2801	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0113-5.515	0.1965	131	0.1506	2842	X-RAY DIFFRACTION	99
5.515-6.3116	0.205	136	0.1728	2856	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3116-7.9465	0.1617	151	0.1446	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9465-48.9101	0.1742	163	0.1629	2994	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4412	0.1564	-0.051	0.43	0.0592	0.8396	0.1015	0.0345	-0.0348	0.0268	-0.0759	0.0547	0.0337	-0.0165	0	0.2031	0.0248	-0.003	0.244	-0.0228	0.1987	-116.1764	14.0824	41.1797
2	1.4077	0.7988	-0.5243	1.9805	0.2213	0.6672	0.0836	-0.0831	0.0554	-0.0156	0.0021	-0.208	-0.0744	-0.002	-0	0.2719	0.0152	0.0116	0.2584	-0.0479	0.3248	-100.2889	34.1871	50.8875
3	0.5701	-0.1811	-0.0015	0.8942	-1.6365	0.9833	-0.0054	-0.0565	-0.0875	-0.0976	0.0585	0.1318	-0.0135	0.0945	0	0.5264	-0.0646	0.0924	0.4094	-0.0368	0.601	-85.0966	59.2933	35.2175
4	0.271	0.3646	-0.154	0.6981	0.0872	0.513	0.098	-0.0164	-0.0371	0.0753	-0.1119	0.0055	-0.0524	0.0136	-0	0.2138	0.0005	0.0006	0.2786	-0.0483	0.2148	-76.6943	14.2348	53.6937
5	0.5735	0.9567	-0.4459	1.8585	-0.9754	1.2344	0.0451	-0.0418	0.179	0.0541	-0.0567	-0.2312	0.035	0.0376	0	0.3162	-0.038	0.0279	0.3084	-0.0936	0.4053	-58.6613	34.3481	49.4911
6	0.0682	-0.3774	0.358	1.1757	-0.9617	0.9267	0.0443	-0.0036	-0.0127	-0	0.0526	0.0938	-0.0592	0.0025	0	0.3513	-0.0177	0.0462	0.331	-0.026	0.4822	-59.1637	59.3632	27.6207
7	0.7019	0.1965	-0.0628	0.5867	-0.1638	0.4271	0.0158	-0.0166	-0.041	0.0432	-0.0913	0.0019	0.0068	0.0027	-0	0.2045	-0.0069	-0.001	0.2508	-0.0448	0.1961	-39.754	14.3523	34.9032
8	1.257	-0.3878	0.6352	1.3182	-0.4542	1.5377	-0.0603	-0.0512	0.1776	-0.2685	-0.1425	-0.0671	-0.0905	0.0609	0	0.362	-0.0368	-0.0279	0.2428	-0.0296	0.2886	-29.6704	34.3429	19.1007
9	0.6257	-0.7654	0.8173	1.04	-0.0537	0.56	-0.1126	0.1392	0.0722	0.4795	0.0066	0.0569	0.0623	0.0024	0	0.6783	0.0278	0.0908	0.328	0.0663	0.4429	-45.4778	59.3982	3.988
10	0.4101	-0.0363	0.1571	0.4816	-0.2161	0.736	0.0255	0.0121	0.0394	0.0189	-0.0965	-0.0862	0.0463	0.016	0	0.2729	-0.0336	-0.0056	0.3097	-0.0078	0.2299	-26.7356	14.2194	-4.4842
11	1.2411	-0.3636	0.6303	1.4987	-0.8197	0.6946	0.0568	0.1143	0.1283	0.0308	-0.109	-0.0034	-0.1574	0.0151	0	0.3491	-0.0328	-0.0253	0.2819	0.0295	0.3091	-31.009	34.1905	-22.6316
12	1.1223	-0.8718	-0.2883	0.7423	0.5768	0.2654	0.1165	0.1491	0.137	0.2693	-0.0346	-0.2853	0.0506	-0.1247	0	0.5554	0.0375	0.0048	0.405	0.0984	0.6446	-53.2375	59.2024	-22.0621

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 4:141 or resid 400:519)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 362:399 or resid 142:210)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 211:361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 4:141 or resid 400:519)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 362:399 or resid 142:210)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 211:361
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 4:141 or resid 400:519)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and (resid 362:399 or resid 142:210)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 211:361
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and (resid 4:141 or resid 400:519)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and (resid 362:399 or resid 142:210)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and resid 211:361

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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