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Yorodumi- PDB-3kfk: Crystal structures of a group II chaperonin from Methanococcus ma... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3kfk | ||||||
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Title | Crystal structures of a group II chaperonin from Methanococcus maripaludis | ||||||
Components | Chaperonin | ||||||
Keywords | CHAPERONE / double homo-octameric rings | ||||||
Function / homology | Function and homology information ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanococcus maripaludis (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 6.003 Å | ||||||
Authors | Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2010 Title: Crystal structures of a group II chaperonin reveal the open and closed states associated with the protein folding cycle. Authors: Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3kfk.cif.gz | 782.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3kfk.ent.gz | 659.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3kfk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/3kfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/3kfk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3kfbC 3kfeSC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 55614.137 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanococcus maripaludis (archaea) / Gene: hsp60, MMP1515 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q877G8 #2: Chemical | ChemComp-AGS / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.73 Å3/Da / Density % sol: 73.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES buffer pH 6.5, 5 mM spermidine and 30 % of 2-Methyl- 2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 10, 2008 |
Radiation | Monochromator: Double-crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 6→58.56 Å / Num. all: 9343 / Num. obs: 9343 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 6→6.21 Å / % possible all: 68.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3KFE Resolution: 6.003→58.56 Å / SU ML: 0.85 / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 344.992 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 6.003→58.56 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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