PDB-3kfb: Crystal structure of a group II chaperonin from Methanococcus mar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kfb

タイトル

Crystal structure of a group II chaperonin from Methanococcus maripaludis

要素

Chaperonin

キーワード

CHAPERONE / double homo-octameric rings / ATP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of a group II chaperonin reveal the open and closed states associated with the protein folding cycle.
著者: Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2009年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kfb.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kfb.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/3kfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/3kfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kfeC 3kfkC 1a6d 1q3s C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3j3x-d 4v81-1 3rus-1 4v94-1 3ruv-1 0767 4v8r-1 5646 1q3q-1 3917 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (6)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

E: Chaperonin

F: Chaperonin

G: Chaperonin

H: Chaperonin

ヘテロ分子

471 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

E: Chaperonin

F: Chaperonin

G: Chaperonin

H: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

E: Chaperonin

F: Chaperonin

G: Chaperonin

H: Chaperonin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
941 kDa, 16 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	260.694, 162.220, 184.733
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 135.05, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain 'A' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)	A
2	1	1	chain 'B' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)	B
3	1	1	chain 'C' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)	C
4	1	1	chain 'D' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)	D
5	1	1	chain 'E' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)	E
6	1	1	chain 'F' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)	F
7	1	1	chain 'G' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)	G
8	1	1	chain 'H' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)	H

#1: タンパク質	Chaperonin / Chaperonin GroEL (Thermosome / HSP60 family) 分子量: 58290.262 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 遺伝子: hsp60, MMP1515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q877G8
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM sodium fluoride and 20% PEG 3,350 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月5日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→48.84 Å / Num. all: 74731 / Num. obs: 74731 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 3.2→3.3144 Å / % possible all: 83.52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.4_162)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→48.84 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2395	3760	5.03 %
R_work	0.2097	-	-
obs	0.2112	74731	83.52 %
all	-	74731	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.403 Å² / k_sol: 0.307 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30560	0	256	0	30816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	31008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.201	41768
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.217	11880
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	5072
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	5376

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3820	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
1	2	B	3820	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
1	3	C	3820	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
1	4	D	3820	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
1	5	E	3820	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	6	F	3820	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037
1	7	G	3820	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
1	8	H	3820	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.3144	0.4397	199	0.3752	3640	X-RAY DIFFRACTION	43
3.3144-3.447	0.3528	287	0.3295	5359	X-RAY DIFFRACTION	63
3.447-3.6039	0.3196	364	0.2977	6547	X-RAY DIFFRACTION	78
3.6039-3.7938	0.2966	407	0.2554	7336	X-RAY DIFFRACTION	87
3.7938-4.0314	0.2722	393	0.221	7449	X-RAY DIFFRACTION	87
4.0314-4.3425	0.2438	394	0.1873	7851	X-RAY DIFFRACTION	92
4.3425-4.7791	0.1972	412	0.1684	8117	X-RAY DIFFRACTION	96
4.7791-5.4699	0.1895	414	0.1533	8143	X-RAY DIFFRACTION	95
5.4699-6.8884	0.2243	411	0.1816	8058	X-RAY DIFFRACTION	94
6.8884-48.8472	0.167	479	0.1663	8471	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3076	-0.7137	0.333	1.7772	0.1945	0.8023	-0.0455	-0.3003	0.213	0.0573	0.0994	-0.1674	0.0658	0.1372	-0.0575	0.1523	-0.0927	0.0035	0.1332	-0.0414	0.0569	25.3055	-101.347	84.7181
2	0.0617	0.2002	0.2899	2.7342	0.5626	0.9163	-0.1034	0.3195	0.2439	-0.185	-0.0061	0.3552	0.0802	-0.393	0.0098	0.0528	-0.0212	0.0001	0.2176	0.1634	0.1314	5.0026	-85.7972	76.9588
3	0.067	0.2501	-0.4708	0.6902	-0.7273	1.3468	0.1074	0.0751	0.0279	0.0743	-0.2372	0.0602	-0.056	0.1902	0.0454	0.2051	-0.0279	-0.2122	0.4143	0.1622	0.23	-1.6159	-70.6337	48.1109
4	0.9835	-0.0767	0.5151	2.0468	-0.339	1.015	-0.0744	-0.1402	0.2341	0.2349	0.1364	-0.2538	-0.0117	-0.2327	-0.0485	0.2199	-0.0558	0.027	0.2385	-0.0447	0.246	16.3689	-61.3859	93.3823
5	0.503	0.8017	0.1413	1.7549	-0.201	0.8029	-0.0883	-0.075	0.246	0.0282	-0.2613	0.7351	0.1408	-0.4871	0.0869	0.0359	0.199	-0.0783	-0.0008	0.1389	0.0604	5.5834	-44.1553	76.0353
6	0.5798	-0.2605	-1.3286	0.7726	1.4054	3.5376	0.2806	0.1405	0.1389	-0.1409	0.0485	-0.1207	-0.0935	0.0135	-0.1356	0.396	-0.0467	-0.2754	0.3067	0.1082	0.2891	3.3959	-44.4894	42.8569
7	0.6782	0.7969	-0.2504	1.0094	-0.7436	1.9517	0.0508	-0.0435	-0.1459	0.1128	-0.2273	-0.1874	-0.1457	-0.0014	0.1196	-0.0115	0.0058	0.0378	0.0954	-0.084	0.1738	29.9337	-24.0819	79.6462
8	1.458	0.469	0.686	1.0664	0.4451	1.9947	0.4179	0.4478	0.0152	-0.328	-0.1339	0.0939	-0.264	0.5434	-0.1756	0.3122	0.1623	-0.0577	0.1118	0.0045	0.0776	26.8888	-15.0593	54.6755
9	0.7246	0.6641	0.2267	1.5324	0.7739	0.2117	0.1345	-0.1358	0.0007	-0.1169	0.1144	-0.2087	-0.3199	0.0937	-0.1137	0.3879	-0.1033	-0.1957	0.5317	0.0208	0.0803	20.1349	-30.6731	26.0996
10	1.5932	-0.4206	-0.4055	0.2414	0.4921	1.8352	0.0098	-0.089	0.1411	-0.2163	-0.0667	0.1413	-0.331	0.2265	0.0166	0.3324	-0.0429	0.133	0.244	0.0192	0.5047	58.2624	-11.2402	51.5436
11	0.9017	-0.233	-0.2917	0.9213	0.2555	0.6873	0.0097	0.2423	-0.0114	-0.199	0.2704	0.1354	-0.2043	-0.2055	-0.0515	0.5949	-0.1781	0.032	0.4347	-0.036	0.3954	56.5577	-16.087	25.321
12	0.2111	0.4376	0.0406	3.3985	1.1514	0.2008	-0.051	-0.2594	0.1578	-0.4607	0.1801	-0.2255	-0.1707	-0.3414	-0.0948	0.5535	-0.2043	-0.0986	0.6028	0.0308	0.1958	38.7201	-38.1286	7.9259
13	0.7233	-0.3354	0.3183	1.5443	0.8856	1.4437	-0.0155	-0.0904	0.0294	0.1191	0.0712	0.0711	0.1992	0.1874	-0.012	0.102	0.0189	0.0297	0.13	0.0784	0.1643	84.5433	-31.0989	25.5851
14	1.0421	0.2123	0.3585	0.4844	-0.1828	0.8186	-0.1102	0.282	-0.0312	-0.1926	0.2638	0.0683	0.2393	-0.4179	-0.0657	0.1552	-0.155	0.0071	0.1789	0.0614	0.0652	76.8603	-46.6503	5.2533
15	0.7399	0.5993	-0.4856	0.9693	-0.4308	0.2118	0.1186	-0.2834	-0.0945	0.087	-0.203	-0.146	-0.0543	-0.012	0.0583	0.2659	-0.1197	-0.1883	0.3853	0.0102	0.1958	48.0447	-61.831	-1.4626
16	1.0828	0.4764	0.0927	1.8813	0.0459	1.4084	-0.0786	0.2741	0.0453	0.2599	0.1284	-0.1307	0.3178	0.1296	0.0195	0.2173	0.0616	0.0151	0.2263	0.0733	0.2108	93.2171	-71.0658	16.6958
17	0.7964	-0.1225	0.5883	2.0386	-0.9506	0.8895	0.1745	0.1725	0.0024	-0.7121	-0.0677	0.0764	0.1836	0.2486	-0.1517	0.1913	-0.0826	-0.0505	0.1064	-0.1412	0.0866	75.9076	-88.2965	5.8476
18	2.6283	-0.9687	-0.4524	0.7327	0.0381	0.0793	-0.2464	0.0815	-0.1363	0.1021	0.0848	0.0867	0.1641	-0.0846	0.1448	0.2692	-0.075	-0.2387	0.3404	0.033	0.4247	42.7351	-87.9701	3.5647
19	2.1416	0.6939	-0.0212	1.2614	-0.9269	0.7191	0.1079	-0.0802	-0.1134	0.1578	-0.1625	-0.0383	-0.1161	-0.0762	0.0671	0.2421	0.0644	0.0717	0.1576	-0.0101	0.0661	79.4362	-108.3681	30.2224
20	1.8203	-0.8821	1.3479	1.0616	-0.4897	0.9897	-0.0027	-0.5673	-0.5161	-0.29	-0.0583	0.3508	0.1253	-0.4436	0.0904	0.1009	-0.0177	-0.0191	0.0073	-0.1715	0.2131	54.4767	-117.39	27.0994
21	0.3621	-0.8883	0.1565	1.603	-0.5703	0.5738	-0.2194	-0.0126	-0.2552	0.1188	0.109	0.2382	0.0618	0.2511	-0.0183	0.1123	-0.0654	-0.2147	0.4902	0.1462	0.3293	25.9225	-101.7739	20.2555
22	1.8503	-0.4198	-0.0182	0.5755	0.6227	1.5693	0.1131	-0.1039	-0.2086	0.0124	-0.0033	0.2999	0.1244	0.1216	-0.1185	0.529	-0.0049	0.1692	0.2366	0.0362	0.2725	51.297	-121.2115	58.5123
23	0.8027	-0.7244	0.0237	1.5236	0.2471	1.2094	-0.4076	0.1977	-0.0323	-0.0077	0.1616	0.3265	-0.0305	-0.0477	0.0273	0.4025	0.0056	0.1127	0.4248	0.1816	0.5194	25.0815	-116.3557	56.7259
24	0.111	-1.0183	0.0572	3.6627	-0.8723	0.4681	-0.0791	0.2861	-0.1791	0.2244	0.007	0.2313	0.0487	0.4467	0.1098	0.232	-0.0027	-0.0703	0.6117	0.2143	0.5133	7.7462	-94.3211	38.8232

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 7:141 or resid 400:519)	A	7 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 7:141 or resid 400:519)	A	400 - 519
3	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 362:399 or resid 142:210)	A	362 - 399
4	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 362:399 or resid 142:210)	A	142 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 211:361	A	211 - 361
6	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 7:141 or resid 400:519)	B	7 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 7:141 or resid 400:519)	B	400 - 519
8	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 362:399 or resid 142:210)	B	362 - 399
9	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 362:399 or resid 142:210)	B	142 - 210
10	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 211:361	B	211 - 361
11	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 7:141 or resid 400:519)	C	7 - 141
12	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 7:141 or resid 400:519)	C	400 - 519
13	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and (resid 362:399 or resid 142:210)	C	362 - 399
14	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and (resid 362:399 or resid 142:210)	C	142 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 211:361	C	211 - 361
16	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and (resid 7:141 or resid 400:519)	D	7 - 141
17	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and (resid 7:141 or resid 400:519)	D	400 - 519
18	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and (resid 362:399 or resid 142:210)	D	362 - 399
19	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and (resid 362:399 or resid 142:210)	D	142 - 210
20	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and resid 211:361	D	211 - 361
21	X-RAY DIFFRACTION	13	chain E and (resid 7:141 or resid 400:519)	E	7 - 141
22	X-RAY DIFFRACTION	13	chain E and (resid 7:141 or resid 400:519)	E	400 - 519
23	X-RAY DIFFRACTION	14	chain E and (resid 362:399 or resid 142:210)	E	362 - 399
24	X-RAY DIFFRACTION	14	chain E and (resid 362:399 or resid 142:210)	E	142 - 210
25	X-RAY DIFFRACTION	15	chain E and resid 211:361	E	211 - 361
26	X-RAY DIFFRACTION	16	chain F and (resid 7:141 or resid 400:519)	F	7 - 141
27	X-RAY DIFFRACTION	16	chain F and (resid 7:141 or resid 400:519)	F	400 - 519
28	X-RAY DIFFRACTION	17	chain F and (resid 362:399 or resid 142:210)	F	362 - 399
29	X-RAY DIFFRACTION	17	chain F and (resid 362:399 or resid 142:210)	F	142 - 210
30	X-RAY DIFFRACTION	18	chain F and resid 211:361	F	211 - 361
31	X-RAY DIFFRACTION	19	chain G and (resid 7:141 or resid 400:519)	G	7 - 141
32	X-RAY DIFFRACTION	19	chain G and (resid 7:141 or resid 400:519)	G	400 - 519
33	X-RAY DIFFRACTION	20	chain G and (resid 362:399 or resid 142:210)	G	362 - 399
34	X-RAY DIFFRACTION	20	chain G and (resid 362:399 or resid 142:210)	G	142 - 210
35	X-RAY DIFFRACTION	21	chain G and resid 211:361	G	211 - 361
36	X-RAY DIFFRACTION	22	chain H and (resid 7:141 or resid 400:519)	H	7 - 141
37	X-RAY DIFFRACTION	22	chain H and (resid 7:141 or resid 400:519)	H	400 - 519
38	X-RAY DIFFRACTION	23	chain H and (resid 362:399 or resid 142:210)	H	362 - 399
39	X-RAY DIFFRACTION	23	chain H and (resid 362:399 or resid 142:210)	H	142 - 210
40	X-RAY DIFFRACTION	24	chain H and resid 211:361	H	211 - 361

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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