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- PDB-3ruv: Crystal structure of Cpn-rls in complex with ATP analogue from Me... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ruv | ||||||
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Title | Crystal structure of Cpn-rls in complex with ATP analogue from Methanococcus maripaludis | ||||||
![]() | Chaperonin | ||||||
![]() | CHAPERONE / double-ring / protein folding machinery / group II chaperonin / ATP binding | ||||||
Function / homology | ![]() chaperonin-containing T-complex / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Kumar, R. / McAndrew, R.P. / Knee, K.M. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Mechanism of nucleotide sensing in group II chaperonins. Authors: Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Kumar, R. / Lopez, T. / McAndrew, R.P. / Knee, K.M. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 780.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 649.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ruqC ![]() 3rusC ![]() 3ruwC ![]() 3kfbS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 58115.105 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: T327A,N328A,K330A,D331A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-ANP / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 20% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 1, 2010 |
Radiation | Monochromator: Double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.24→50 Å / Num. all: 131253 / Num. obs: 131211 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3KFB Resolution: 2.242→48.813 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / Phase error: 23.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.352 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.242→48.813 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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