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Yorodumi- PDB-3rkk: Crystal Structure of New Delhi Metallo-Beta-Lactamase-1 from Kleb... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rkk | ||||||
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Title | Crystal Structure of New Delhi Metallo-Beta-Lactamase-1 from Klebsiella pneumoniae | ||||||
Components | Beta-lactamase NDM-1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta structure / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Binkowski, T.A. / Babnigg, G. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI) | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2011 Title: Structure of Apo- and Monometalated Forms of NDM-1 A Highly Potent Carbapenem-Hydrolyzing Metallo-beta-Lactamase Authors: Kim, Y. / Tesar, C. / Mire, J. / Jedrzejczak, R. / Binkowski, A. / Babnigg, G. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rkk.cif.gz | 183.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rkk.ent.gz | 147.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rkk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3rkk_validation.pdf.gz | 482.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3rkk_full_validation.pdf.gz | 495.9 KB | Display | |
Data in XML | 3rkk_validation.xml.gz | 22.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3rkk_validation.cif.gz | 30.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3rkjC 3sblC 3sfpC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25100.152 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: sequence database residues 39-270 / Mutation: Q36N, Q37Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Gene: blaNDM-1 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic / References: UniProt: C7C422, beta-lactamase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-ACY / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 39.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.17 M Ammonium sulfate 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 % (v/v) Glycerol, 5 mM zinc acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 15, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. all: 16892 / Num. obs: 16892 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 5.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.39 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 709 / % possible all: 80.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35→40.65 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.454 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.6 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→40.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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