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- PDB-3rkj: Crystal Structure of New Delhi Metallo-Beta-Lactamase-1 from Kleb... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rkj | ||||||
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Title | Crystal Structure of New Delhi Metallo-Beta-Lactamase-1 from Klebsiella pnueumoniae | ||||||
![]() | Beta-lactamase NDM-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta structure / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI | ||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Binkowski, T.A. / Babnigg, G. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of Apo- and Monometalated Forms of NDM-1 A Highly Potent Carbapenem-Hydrolyzing Metallo-beta-Lactamase Authors: Kim, Y. / Tesar, C. / Mire, J. / Jedrzejczak, R. / Binkowski, A. / Babnigg, G. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 188.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 150.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 463.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 470.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3rkkC ![]() 3sblC ![]() 3sfpC ![]() 2yz3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 24822.877 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: sequence database residues 39-270 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.17 M Ammonium sulfate 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 % (v/v) Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 11, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 26835 / Num. obs: 26835 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 6.3 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1377 / % possible all: 96.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ID 2YZ3 Resolution: 2→38.449 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 24.65 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.16 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.1 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→38.449 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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