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- PDB-2iue: Pactolus I-domain: Functional Switching of the Rossmann Fold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iue
タイトルPactolus I-domain: Functional Switching of the Rossmann Fold
要素INTEGRIN BETA-2-LIKE PROTEIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CD / ITC / LIMBS / MIDAS / ADMIDAS / MEMBRANE / INTEGRIN / TITRATION / CELL ADHESION / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory granule / integrin-mediated signaling pathway / inflammatory response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-2 subunit / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit ...Integrin beta-2 subunit / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / von Willebrand factor, type A domain / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-2-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / DYANA AMBER 8.0, MODELLER8V2
データ登録者Sen, M. / Legge, G.B.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Pactolus I-Domain: Functional Switching of the Rossmann Fold.
著者: Sen, M. / Legge, G.B.
履歴
登録2006年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTEGRIN BETA-2-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4341
ポリマ－23,4341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200LOWEST POTENTIAL ENERGY ENSEMBLES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INTEGRIN BETA-2-LIKE PROTEIN / PROTEIN PACTOLUS SYNONYM: ADULT MALE BONE CDNA


分子量: 23433.660 Da / 分子数: 1 / 断片: PACTOLUS I-DOMAIN, RESIDUES 124-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3UV74
配列の詳細THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN CHEN ET AL. J. BIOL. CHEM. 273 (15), 8711-8718 (1998)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121HN(CO)CA
131HNCO
141HN(CA)CO
151HN(CA)CB
161CBCA(CO)NH
171HSQC- NOESY-HSQC
181CN-NOESY
191N- NOESY
1101N-TOCSY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURES WERE INITIALLY CALCULATED BY DYANA, AND MODELLED BY THE MODELLER8V2,AND MINIMIZED BY THE AMBER8.0

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試料調製

詳細内容: 5% D20, 10MM DTRIS (PH 6.9)
試料状態イオン強度: 0 mM / pH: 6.9 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker OTHER / 製造業者: Bruker / モデル: OTHER / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber8PONDER,J.W.精密化
NMRPipe構造決定
NMRView構造決定
DYANA構造決定
Amber8構造決定
MOLMOL構造決定
MODELLER構造決定
精密化手法: DYANA AMBER 8.0, MODELLER8V2 / ソフトェア番号: 1
詳細: AFTER CALCULATING THE STRUCTURES, ENSEMBLES WERE MODELLED BY PROGRAM MODELLER8V2
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST POTENTIAL ENERGY ENSEMBLES
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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