[日本語] English
万見
- PDB-3rfh: Crystal structure of the yeast RACK1 dimer in space group P21 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rfh
タイトルCrystal structure of the yeast RACK1 dimer in space group P21
要素Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta-propeller / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / nonfunctional rRNA decay / mRNA destabilization / regulation of amino acid metabolic process / G-protein alpha-subunit binding / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome ...negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / nonfunctional rRNA decay / mRNA destabilization / regulation of amino acid metabolic process / G-protein alpha-subunit binding / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / ribosome binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat ...YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein RACK1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yatime, L. / Hein, K.L. / Nilsson, J. / Nissen, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the RACK1 dimer from Saccharomyces cerevisiae
著者: Yatime, L. / Hein, K.L. / Nilsson, J. / Nissen, P.
履歴
登録2011年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
B: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
C: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
D: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,8364
ポリマ－138,8364
非ポリマー00
水68538
1
A: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
C: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4182
ポリマ－69,4182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
2
B: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
D: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4182
ポリマ－69,4182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area25470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.010, 165.650, 92.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1


分子量: 34708.973 Da / 分子数: 4 / 変異: K283A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: ASC1, CPC2, YM9718.15C, YMR116C / プラスミド: pET46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P38011
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% polyacrylic acid 5100, 0.05M KCl, 100mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年2月27日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 26256 / Num. obs: 26256 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2.88 / Observed criterion σ(I): 2.88 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 9.09
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique all: 2497 / Rsym value: 0.584 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RFG

3rfg


解像度: 2.9→47.227 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8134 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2473 1557 5.93 %RANDOM
Rwork0.2149 ---
all0.2169 26252 --
obs0.2169 26252 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.273 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 125.88 Å2 / Biso mean: 50.7015 Å2 / Biso min: 15.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7458 Å2-0 Å2-13.5285 Å2
2---14.1242 Å2-0 Å2
3----1.007 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9068 0 0 38 9106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97212609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7283223
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9-2.99360.34881240.291822312355
2.9936-3.10060.3021380.278422922430
3.1006-3.22470.32371620.259321702332
3.2247-3.37140.27011450.242522562401
3.3714-3.54910.2621400.224822352375
3.5491-3.77140.31221330.242922292362
3.7714-4.06240.22611460.204822622408
4.0624-4.4710.17551270.171222642391
4.471-5.11730.18811580.158422242382
5.1173-6.44460.241370.216922472384
6.4446-47.23280.24921470.209122852432

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る