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- PDB-3frx: Crystal Structure of the Yeast Orthologue of RACK1, Asc1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3frx
タイトルCrystal Structure of the Yeast Orthologue of RACK1, Asc1.
要素Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / RACK1 / WD40 / BETA PROPELLER / RIBOSOME / TRANSLATION / Acetylation / Cytoplasm / Phosphoprotein / WD repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / nonfunctional rRNA decay / mRNA destabilization / negative regulation of translational frameshifting / G-protein alpha-subunit binding / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome ...regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / nonfunctional rRNA decay / mRNA destabilization / negative regulation of translational frameshifting / G-protein alpha-subunit binding / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / ribosome binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Small ribosomal subunit protein RACK1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Coyle, S.M. / Gilbert, W.V. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2009
タイトル: Direct link between RACK1 function and localization at the ribosome in vivo
著者: Coyle, S.M. / Gilbert, W.V. / Doudna, J.A.
履歴
登録2009年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
B: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
C: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
D: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,8988
ポリマ－140,6784
非ポリマー2204
水25,9061438
1
A: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2242
ポリマ－35,1691
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2242
ポリマ－35,1691
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2242
ポリマ－35,1691
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2242
ポリマ－35,1691
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.660, 85.410, 119.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 134.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-904-

HOH

21C-970-

HOH

31C-1018-

HOH

41D-754-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Receptor for activated C kinase


分子量: 35169.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ASC1, CPC2, YM9718.15C, YMR116C / プラスミド: pSV272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38011
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 13.3% PEG 2000 MME, 22 mM MnOAc, 100 mM NaOAc, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9793713 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→17.519 Å / Num. all: 204852 / Num. obs: 125144
反射 シェル解像度: 2.13→2.1569 Å / Num. unique all: 125144 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→17.519 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 3796 3.03 %
Rwork0.195 --
obs0.196 125144 95.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.049 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 195.39 Å2 / Biso mean: 26.659 Å2 / Biso min: 1.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.121 Å20 Å2-0.355 Å2
2--3.696 Å2-0 Å2
3----0.576 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→17.519 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9552 0 4 1438 10994
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.15690.31141530.26914616X-RAY DIFFRACTION98
2.1569-2.18530.29481470.27014569X-RAY DIFFRACTION98
2.1853-2.21510.29941280.25854608X-RAY DIFFRACTION97
2.2151-2.24670.25941480.24684670X-RAY DIFFRACTION97
2.2467-2.28020.28551520.24244541X-RAY DIFFRACTION97
2.2802-2.31570.27581290.23744666X-RAY DIFFRACTION97
2.3157-2.35360.30691380.24024571X-RAY DIFFRACTION97
2.3536-2.39410.3271400.24054543X-RAY DIFFRACTION97
2.3941-2.43750.25891550.22934575X-RAY DIFFRACTION97
2.4375-2.48430.29251340.2284609X-RAY DIFFRACTION97
2.4843-2.53480.3021480.23244463X-RAY DIFFRACTION96
2.5348-2.58980.27021460.23564556X-RAY DIFFRACTION96
2.5898-2.64980.23771380.21924566X-RAY DIFFRACTION96
2.6498-2.71590.2161330.20634507X-RAY DIFFRACTION96
2.7159-2.7890.24381540.20264496X-RAY DIFFRACTION95
2.789-2.87070.34811420.21344489X-RAY DIFFRACTION95
2.8707-2.9630.28981440.21134508X-RAY DIFFRACTION95
2.963-3.06830.21971320.19334486X-RAY DIFFRACTION94
3.0683-3.19050.24831390.17834371X-RAY DIFFRACTION94
3.1905-3.33470.19271330.17024495X-RAY DIFFRACTION94
3.3347-3.50920.17711310.16174406X-RAY DIFFRACTION93
3.5092-3.72710.18681460.15164324X-RAY DIFFRACTION92
3.7271-4.01170.20171350.15054356X-RAY DIFFRACTION92
4.0117-4.40960.16991260.13294350X-RAY DIFFRACTION92
4.4096-5.03440.15071440.12574318X-RAY DIFFRACTION91
5.0344-6.29350.22781420.16254348X-RAY DIFFRACTION92
6.2935-17.51950.20741390.19114341X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 83.6727 Å / Origin y: 9.6898 Å / Origin z: 21.8169 Å
111213212223313233
T0.0226 Å20.0112 Å2-0.0006 Å2-0.0131 Å2-0.0001 Å2--0.0351 Å2
L0.0696 °20.0009 °20.0039 °2--0.0032 °20.0024 °2--0.002 °2
S0.0107 Å °-0.0075 Å °-0.0155 Å °0.0021 Å °0.0006 Å °-0.0034 Å °-0.001 Å °0.0005 Å °-0.0113 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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