+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5z43 | ||||||
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Title | Crystal structure of prenyltransferase AmbP1 apo structure | ||||||
Components | AmbP1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Prenyltransferase / AmbP1 / indole | ||||||
Function / homology | Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase / prenyltransferase activity / metabolic process / AmbP1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Fischerella ambigua UTEX 1903 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.361 Å | ||||||
Authors | Awakawa, T. / Nakashima, Y. / Mori, T. / Abe, I. | ||||||
Citation | Journal: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / Year: 2018 Title: Molecular Insight into the Mg2+-Dependent Allosteric Control of Indole Prenylation by Aromatic Prenyltransferase AmbP1 Authors: Awakawa, T. / Mori, T. / Nakashima, Y. / Zhai, R. / Wong, C.P. / Hillwig, M.L. / Liu, X. / Abe, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5z43.cif.gz | 251.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5z43.ent.gz | 205.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5z43.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z43 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5yk9SC 5z44C 5z45C 5z46C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35154.684 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fischerella ambigua UTEX 1903 (bacteria) Gene: ambP1, famD2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: V5TDZ4 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 100mM MES (pH6.5), 0.2M MgCl2, 22% PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.36→44.9 Å / Num. obs: 27028 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 18.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.36→2.45 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2823 / CC1/2: 0.807 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5YK9 Resolution: 2.361→41.105 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.1
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.361→41.105 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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