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Yorodumi- PDB-5z45: Crystal structure of prenyltransferase AmbP1 pH6.5 complexed with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5z45 | ||||||
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Title | Crystal structure of prenyltransferase AmbP1 pH6.5 complexed with GSPP and cis-indolyl vinyl isonitrile | ||||||
Components | AmbP1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Prenyltransferase / AmbP1 / indole | ||||||
Function / homology | Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase / prenyltransferase activity / metabolic process / 3-[(Z)-2-isocyanoethenyl]-1H-indole / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / AmbP1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Fischerella ambigua UTEX 1903 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.601 Å | ||||||
Authors | Awakawa, T. / Nakashima, Y. / Mori, T. / Abe, I. | ||||||
Citation | Journal: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / Year: 2018 Title: Molecular Insight into the Mg2+-Dependent Allosteric Control of Indole Prenylation by Aromatic Prenyltransferase AmbP1 Authors: Awakawa, T. / Mori, T. / Nakashima, Y. / Zhai, R. / Wong, C.P. / Hillwig, M.L. / Liu, X. / Abe, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5z45.cif.gz | 250.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5z45.ent.gz | 203.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5z45.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z45 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5yk9C 5z43SC 5z44C 5z46C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35154.684 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fischerella ambigua UTEX 1903 (bacteria) Gene: ambP1, famD2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: V5TDZ4 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-8XL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 100mM MES (pH6.5), 0.2M MgCl2, 22% PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL15A1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jun 7, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→29.55 Å / Num. obs: 20537 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2459 / CC1/2: 0.757 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5Z43 Resolution: 2.601→28.196 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.24
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.601→28.196 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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