PDB-5z45: Crystal structure of prenyltransferase AmbP1 pH6.5 complexed with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z45

タイトル

Crystal structure of prenyltransferase AmbP1 pH6.5 complexed with GSPP and cis-indolyl vinyl isonitrile

要素

AmbP1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / AmbP1 /

indole (インドール)

機能・相同性

Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase /

prenyltransferase activity /

代謝 / 3-[(Z)-2-isocyanoethenyl]-1H-indole / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / AmbP1

機能・相同性情報

生物種

Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.601 Å

データ登録者

Awakawa, T. / Nakashima, Y. / Mori, T. / Abe, I.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Molecular Insight into the Mg2+-Dependent Allosteric Control of Indole Prenylation by Aromatic Prenyltransferase AmbP1
著者: Awakawa, T. / Mori, T. / Nakashima, Y. / Zhai, R. / Wong, C.P. / Hillwig, M.L. / Liu, X. / Abe, I.

履歴

登録	2018年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z45.cif.gz	250.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z45.ent.gz	203.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yk9C 5z43SC 5z44C 5z46C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z46-2 5z44-2 5z44-1 1zb6-d 3ror-d 5z43-2 3qr3-2 5y84-2 5y7c-2 1y1n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AmbP1

B: AmbP1

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AmbP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AmbP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.257, 116.257, 49.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	AmbP1 / Aromatic prenyltransferase / Orf2-1-related aromatic prenyltransferase 分子量: 35154.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア) 遺伝子: ambP1, famD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5TDZ4
#2: 化合物	ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸分子量: 330.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₀O₆P₂S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-8XL / 3-[(Z)-2-isocyanoethenyl]-1H-indole / (Z)-2-(1H-インド-ル-3-イル)ビニルイソシアニド分子量: 168.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₈N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM MES (pH6.5), 0.2M MgCl2, 22% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→29.55 Å / Num. obs: 20537 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / R_merge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2459 / CC_1/2: 0.757 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z43

5z43

解像度: 2.601→28.196 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	2015	9.82 %
R_work	0.1906	-	-
obs	0.1985	20524	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.601→28.196 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4647	0	53	23	4723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4828
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	6560
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.671	2834
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	696
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	857

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6012-2.6662	0.3315	143	0.233	1289	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6662-2.7382	0.3455	144	0.2281	1317	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7382-2.8187	0.3219	141	0.2239	1302	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8187-2.9096	0.3047	141	0.2202	1315	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9096-3.0135	0.3152	143	0.221	1295	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0135-3.134	0.2765	143	0.207	1298	X-RAY DIFFRACTION	98
3.134-3.2765	0.2952	141	0.2087	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2765-3.4489	0.3004	141	0.1974	1322	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4489-3.6646	0.2699	146	0.1955	1323	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6646-3.9468	0.2849	144	0.1965	1327	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9468-4.3427	0.2399	141	0.1788	1336	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3427-4.9682	0.2619	151	0.1658	1329	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9682-6.2481	0.2559	147	0.1805	1346	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2481-28.1981	0.2251	149	0.1702	1389	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0366	1.3662	3.985	6.689	2.1902	3.7334	-0.368	0.6187	0.6276	-0.3411	-0.077	-0.5777	-1.017	1.0984	0.4597	0.5314	-0.173	0.0079	0.6106	0.1536	0.4051	16.8004	164.1926	-2.8217
2	4.4741	-2.164	0.5938	5.6671	-1.0653	5.9749	0.3242	-0.0944	-0.1839	0.1498	-0.2028	0.0359	-0.197	0.3261	-0.1217	0.3912	-0.1678	-0.0265	0.4334	0.0562	0.2975	13.5161	154.7578	1.4763
3	3.9853	5.1849	-1.0789	6.9052	0.7834	7.0895	0.6938	-0.8924	-0.5799	1.5136	-0.9694	-0.164	-0.5416	0.8152	0.3214	0.7704	-0.2082	-0.1064	0.729	0.0536	0.4589	13.6771	149.3944	16.6995
4	1.5966	-0.4363	1.1755	3.3819	0.7788	2.9771	0.0611	-0.3263	-0.039	0.8649	-0.0436	-0.4368	0.1492	0.4617	-0.0203	0.4628	-0.094	-0.0313	0.5367	0.0369	0.357	13.5889	141.1738	8.4882
5	3.6122	2.6166	-0.2347	7.5242	4.8913	6.5767	0.0459	-0.51	-0.1407	0.288	-0.1216	-0.0589	-0.0303	0.3094	0.0638	0.2825	-0.0233	-0.04	0.3787	0.0551	0.2295	5.9295	131.921	4.5126
6	2.7839	-6.9978	-0.5749	9.6246	-0.191	6.7728	0.0806	0.9304	-0.4141	-0.8879	-0.3215	0.4825	-0.5662	-0.0131	0.1294	0.4591	-0.0799	-0.082	0.386	-0.0208	0.4055	1.8215	131.9068	-13.4108
7	8.7474	4.4881	-1.7492	7.7845	-5.7135	5.3094	-0.0097	0.3119	0.1758	-0.4319	-0.0976	-0.0461	0.2677	0.0476	0.1172	0.3405	0.0334	-0.0718	0.4118	-0.0208	0.2418	3.0914	137.7176	-2.0641
8	6.0014	7.7749	1.148	9.3041	0.0712	4.2244	-0.9408	0.8256	-0.0496	-1.3589	0.8003	0.0013	-0.3567	0.5845	0.1236	0.4824	-0.008	0.0213	0.4876	0.0176	0.4075	9.6371	151.8056	-15.2789
9	7.9594	6.7539	2.2294	9.6388	1.0517	4.1226	-0.1281	0.6334	-0.0408	-0.5088	0.0519	-0.3086	-0.179	0.1633	0.1599	0.3948	-0.0024	-0.0158	0.3328	0.0106	0.2242	8.6624	147.5847	-7.6452
10	9.6726	2.7817	2.3978	7.5936	4.1281	8.0603	0.0021	0.371	0.4714	0.525	-0.0443	1.3209	0.4712	-2.1418	0.267	0.4122	0.0108	0.0508	1.3377	0.0952	0.6758	8.4916	179.9158	-20.4719
11	7.665	-2.6035	-1.4283	6.9006	-2.6735	9.1656	-0.4185	-0.0708	0.1067	-0.9513	1.3849	1.7381	0.2587	-2.429	-0.8056	0.4655	-0.1042	-0.1372	1.1761	0.2855	0.8162	12.1721	179.3111	-29.4621
12	4.5924	6.5118	3.1043	9.5297	6.0041	9.1606	-0.2424	0.1245	0.5496	0.0054	0.1934	0.6234	-0.3151	-0.597	0.0209	0.2913	0.0072	-0.0845	0.6208	0.1264	0.5144	21.1113	181.0378	-20.2436
13	6.6589	-1.8478	0.8511	5.0915	1.048	3.1041	0.2468	0.981	-0.1971	-0.9303	-0.0135	0.5025	0.12	-0.4377	-0.2239	0.5113	-0.1253	-0.1355	0.6813	0.0762	0.3495	26.4732	172.4333	-33.9024
14	2.855	0.5343	1.9831	2.698	-1.5766	7.8465	-0.0123	-0.0212	-0.228	-0.2713	0.0288	-0.2302	0.4496	-0.0444	-0.0497	0.2216	0.0103	0.0421	0.2329	0.0212	0.3838	42.6305	175.1963	-22.0816
15	4.0554	0.1868	-0.9462	3.0098	0.0112	8.118	-0.0588	-0.4106	0.226	0.0702	-0.0245	0.0089	0.0751	-0.402	0.056	0.2307	0.0154	0.0242	0.3205	0.0379	0.4169	39.4825	182.4257	-15.2649
16	8.4158	3.3931	-1.251	3.5088	0.9506	-0.0728	0.2468	-0.4441	0.5995	0.6115	-0.1808	0.7292	-0.0207	-0.8861	-0.061	0.419	0.009	0.088	0.8045	0.0705	0.4909	23.0155	179.6185	-9.4361
17	5.0185	1.0217	-0.3636	5.3064	-1.3458	6.9361	-0.0564	-0.1749	-0.2115	-0.1842	-0.0839	-0.6462	0.2728	-0.7444	0.1468	0.3716	0.0725	0.052	0.5164	0.1254	0.4865	27.2135	178.636	-14.4966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 127 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 128 through 172 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 173 through 206 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 207 through 230 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 231 through 268 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 269 through 289 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 2 through 18 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 19 through 40 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 41 through 63 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 64 through 122 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 123 through 190 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 191 through 220 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 221 through 260 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 261 through 291 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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