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万見
- PDB-3r1b: Open crystal structure of cytochrome P450 2B4 covalently bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r1b
タイトルOpen crystal structure of cytochrome P450 2B4 covalently bound to the mechanism-based inactivator tert-butylphenylacetylene
要素Cytochrome P450 2B4
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cytochrome P450 2B4 / monooxygenase / membrane protein / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / unspecific monooxygenase / aromatase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (4-tert-butylphenyl)acetaldehyde / Cytochrome P450 2B4
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gay, S.C. / Zhang, H. / Stout, C.D. / Hollenberg, P.F. / Halpert, J.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of Mammalian Cytochrome P450 2B4 Covalently Bound to the Mechanism-Based Inactivator tert-Butylphenylacetylene: Insight into Partial Enzymatic Activity.
著者: Gay, S.C. / Zhang, H. / Wilderman, P.R. / Roberts, A.G. / Liu, T. / Li, S. / Lin, H.L. / Zhang, Q. / Woods, V.L. / Stout, C.D. / Hollenberg, P.F. / Halpert, J.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of microsomal cytochrome P450 2B4 complexed with the antifungal drug bifonazole: insight into P450 conformational plasticity and membrane interaction.
著者: Zhao, Y. / White, M.A. / Muralidhara, B.K. / Sun, L. / Halpert, J.R. / Stout, C.D.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of mammalian cytochrome P450 2B4 complexed with 4-(4-chlorophenyl)imidazole at 1.9-A resolution: insight into the range of P450 conformations and the coordination of redox partner binding.
著者: Scott, E.E. / White, M.A. / He, Y.A. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: An open conformation of mammalian cytochrome P450 2B4 at 1.6-A resolution.
著者: Scott, E.E. / He, Y.A. / Wester, M.R. / White, M.A. / Chin, C.C. / Halpert, J.R. / Johnson, E.F. / Stout, C.D.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural and thermodynamic consequences of 1-(4-chlorophenyl)imidazole binding to cytochrome P450 2B4.
著者: Zhao, Y. / Sun, L. / Muralidhara, B.K. / Kumar, S. / White, M.A. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of cytochrome P450 2B4 in complex with the inhibitor 1-biphenyl-4-methyl-1H-imidazole: ligand-induced structural response through alpha-helical repositioning.
著者: Gay, S.C. / Sun, L. / Maekawa, K. / Halpert, J.R. / Stout, C.D.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structures of cytochrome P450 2B4 complexed with the antiplatelet drugs ticlopidine and clopidogrel .
著者: Gay, S.C. / Roberts, A.G. / Maekawa, K. / Talakad, J.C. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
#7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Plasticity of cytochrome P450 2B4 as investigated by hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry and X-ray crystallography.
著者: Wilderman, P.R. / Shah, M.B. / Liu, T. / Li, S. / Hsu, S. / Roberts, A.G. / Goodlett, D.R. / Zhang, Q. / Woods, V.L. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
履歴
登録2011年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2B4
B: Cytochrome P450 2B4
C: Cytochrome P450 2B4
D: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,68921
ポリマ－216,6764
非ポリマー7,01317
水00
1
A: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2936
ポリマ－54,1691
非ポリマー2,1245
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2936
ポリマ－54,1691
非ポリマー2,1245
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3044
ポリマ－54,1691
非ポリマー1,1353
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7995
ポリマ－54,1691
非ポリマー1,6304
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Cytochrome P450 2B4
D: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,09211
ポリマ－108,3382
非ポリマー3,7549
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9730 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area42590 Å2
手法PISA
6
B: Cytochrome P450 2B4
C: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,59710
ポリマ－108,3382
非ポリマー3,2598
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8440 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area42430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.924, 153.691, 129.665
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2B4 / CYPIIB4 / Cytochrome P450 isozyme 2 / Cytochrome P450 LM2 / Cytochrome P450 type B0 / Cytochrome P450 type B1


分子量: 54169.082 Da / 分子数: 4
変異: E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, H226Y
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CYP2B4 / プラスミド: PKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3 / 参照: UniProt: P00178, unspecific monooxygenase
#2: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-TB2 / (4-tert-butylphenyl)acetaldehyde / (4-tert-ブチルフェニル)アセトアルデヒド


分子量: 176.255 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16O
#5: 化合物
ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド


分子量: 494.573 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
非ポリマーの詳細THE PROTEIN WAS INCUBATED WITH TERT-BUTYLPHENYLACETYLENE, CATALASE, CYTOCHROME P450 REDUCTASE, AND ...THE PROTEIN WAS INCUBATED WITH TERT-BUTYLPHENYLACETYLENE, CATALASE, CYTOCHROME P450 REDUCTASE, AND CYTOCHROME B5. A SINGLE CATALYTIC P450 2B4 TURNOVER RESULTS IN A KETENE INTERMEDIATE, WHICH CONJUGATES TO THR 302. THIS CONJUGATED PROTEIN IS PUT DOWN FOR CRYSTALLIZATION. lIGAND CM5 A 605 IS MISSING 10 ATOMS SINCE THEY WERE NOT OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 12% (w/v) PEG 3350, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→112.161 Å / Num. all: 63932 / Num. obs: 63932 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 84.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym value% possible all
3-3.163.10.5861.30.58699.9
3.16-3.353.20.3212.40.32199.8
3.35-3.593.20.2273.40.22799.7
3.59-3.873.20.145.20.1499.6
3.87-4.243.20.1046.40.10499.5
4.24-4.743.20.0887.30.08899.3
4.74-5.483.20.0798.10.07999.2
5.48-6.713.20.0758.40.07598.7
6.71-9.493.20.0648.60.06498.4
9.49-53.4323.10.0638.70.06397.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 51.63 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å53.43 Å
Translation3 Å53.43 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SSRLBlue-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SUO

1suo


解像度: 3→53.43 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 3092 5.07 %
Rwork0.242 --
obs0.244 61019 94.8 %
all-64352 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.04 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 100.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4092 Å2-0 Å23.4714 Å2
2---9.6467 Å2-0 Å2
3---14.0559 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→53.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14023 0 476 0 14499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35120347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4135345
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012623
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.04690.42791460.35592344X-RAY DIFFRACTION85
3.0469-3.09680.3461290.3222385X-RAY DIFFRACTION86
3.0968-3.15020.3591190.3162426X-RAY DIFFRACTION88
3.1502-3.20750.40391310.29912504X-RAY DIFFRACTION91
3.2075-3.26920.34741260.29422588X-RAY DIFFRACTION93
3.2692-3.33590.33481560.28932595X-RAY DIFFRACTION93
3.3359-3.40840.29831330.27742556X-RAY DIFFRACTION93
3.4084-3.48770.32721490.2682528X-RAY DIFFRACTION93
3.4877-3.57490.30381120.26292518X-RAY DIFFRACTION91
3.5749-3.67150.29931490.27952708X-RAY DIFFRACTION97
3.6715-3.77960.32391440.25392731X-RAY DIFFRACTION99
3.7796-3.90150.25491500.23652705X-RAY DIFFRACTION97
3.9015-4.04090.27931420.23352659X-RAY DIFFRACTION96
4.0409-4.20260.28311380.23062682X-RAY DIFFRACTION98
4.2026-4.39380.27911450.22092751X-RAY DIFFRACTION98
4.3938-4.62540.30921560.21192719X-RAY DIFFRACTION98
4.6254-4.9150.2771510.21382744X-RAY DIFFRACTION99
4.915-5.29410.24461490.22552733X-RAY DIFFRACTION99
5.2941-5.82630.34611380.26192751X-RAY DIFFRACTION99
5.8263-6.6680.26991340.27042758X-RAY DIFFRACTION98
6.668-8.39580.26541510.22412760X-RAY DIFFRACTION98
8.3958-53.44060.23661440.20992782X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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