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万見
- PDB-3qsf: The first crystal structure of a human telomeric G-quadruplex DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsf
タイトルThe first crystal structure of a human telomeric G-quadruplex DNA bound to a metal-containing ligand (a nickel complex)
要素5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3'
キーワードDNA / Parallel / telomere / nickel / drug / metal complex
機能・相同性: / Chem-NUF / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Campbell, N.H. / Abd Karim, N.H. / Parkinson, G.N. / Vilar, R. / Neidle, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Molecular basis of structure-activity relationships between salphen metal complexes and human telomeric DNA quadruplexes.
著者: Campbell, N.H. / Karim, N.H. / Parkinson, G.N. / Gunaratnam, M. / Petrucci, V. / Todd, A.K. / Vilar, R. / Neidle, S.
履歴
登録2011年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5545
ポリマ－3,7731
非ポリマー7814
水36020
1
X: 5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3'
ヘテロ分子

X: 5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,10810
ポリマ－7,5472
非ポリマー1,5618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area4770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.020, 54.909, 33.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-2013-

K

21X-2014-

K

31X-2015-

K

41X-20-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3'


分子量: 3773.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-NUF / [2,2'-{(4,5-difluorobenzene-1,2-diyl)bis[(nitrilo-kappaN)methylylidene]}bis{5-[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]phenolato-kappa O}(2-)]nickel (II) / N,N-Bis[4-[[1-(2-ethyl)piperidine]oxy]salicylidene]-4,5-difluoro-1,2-phenylenediamine-Nickel (II)


分子量: 663.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H38F2N4NiO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Initial conditions in the 3 ul drop were: 1.25mM quadruplex DNA, 1.25mM ligand, 0.83% PEG (w/v) 10 000, 16.7mM potassium chloride, 16.7mM sodium chloride, 16.7mM lithium sulphate and 20 mM ...詳細: Initial conditions in the 3 ul drop were: 1.25mM quadruplex DNA, 1.25mM ligand, 0.83% PEG (w/v) 10 000, 16.7mM potassium chloride, 16.7mM sodium chloride, 16.7mM lithium sulphate and 20 mM potassium cacodylate buffer at pH 7.0. This was equilibrated against a reservoir well solution of 50% (w/v) PEG 10000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.4866 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4866 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.308→22.01 Å / Num. all: 1888 / Num. obs: 1888 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.31-2.432.70.1534.66582420.15389.8
2.43-2.583.70.116.19812630.1199.2
2.58-2.763.80.0826.79192450.082100
2.76-2.983.80.0748.78632280.074100
2.98-3.263.80.05310.78292190.05399.7
3.26-3.653.60.0527.56751850.05298.5
3.65-4.213.50.0589.86341790.058100
4.21-5.163.50.0414.95311500.0499.6
5.16-7.293.30.04512.13891180.04596.1
7.29-22.013.10.04314.8183590.04380.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.36 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å22.01 Å
Translation2.5 Å22.01 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QSC

3qsc


解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / WRfactor Rfree: 0.3649 / WRfactor Rwork: 0.2714 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.724 / SU B: 9.949 / SU ML: 0.211 / SU R Cruickshank DPI: 0.4976 / SU Rfree: 0.3403 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3203 77 4.6 %RANDOM
Rwork0.2369 ---
obs0.2404 1684 97 %-
all-1684 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.95 Å2 / Biso mean: 34.0311 Å2 / Biso min: 4.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 231 48 20 299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6083478
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.02169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8643312
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4284.5478
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 5 -
Rwork0.381 114 -
all-119 -
obs--92.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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