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万見
- PDB-3cdm: Structural adaptation and conservation in quadruplex-drug recognition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cdm
タイトルStructural adaptation and conservation in quadruplex-drug recognition
要素DNA (5'-D(*DT*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')
キーワードDNA / QUADRUPLEX / PROPELLER / INTRAMOLECULAR / HUMAN TELOMERE PARALLEL STRANDED / LIGAND / COMPLEX
機能・相同性: / Chem-NII / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Parkinson, G.N. / Neidle, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Topology conservation and loop flexibility in quadruplex-drug recognition: crystal structures of inter- and intramolecular telomeric DNA quadruplex-drug complexes
著者: Parkinson, G.N. / Cuenca, F. / Neidle, S.
履歴
登録2008年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*DT*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DT*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,22812
ポリマ－14,5752
非ポリマー3,65310
水2,846158
1
A: DNA (5'-D(*DT*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5315
ポリマ－7,2881
非ポリマー1,2444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA (5'-D(*DT*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6977
ポリマ－7,2881
非ポリマー2,4096
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.575, 43.084, 56.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DT*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DG)-3') / TELOMERE


分子量: 7287.690 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#2: 化合物
ChemComp-NII / 2,7-bis[3-(dimethylamino)propyl]-4,9-bis[(3-hydroxypropyl)amino]benzo[lmn][3,8]phenanthroline-1,3,6,8(2H,7H)-tetrone / 2,7-ビス[3-(ジメチルアミノ)プロピル]-4,9-ビス(3-ヒドロキシプロピルアミノ)ベンゾ[lmn][3,8](以下略)


分子量: 582.691 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42N6O6
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 333mM ammonium sulfate, 10mM magnesium chloride, 50mM sodium chloride, 50mM potassium chloride, 50mM potassium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulphate11
2magnesium chloride11
3sodium chloride11
4potassium chloride11
5potassium cacodylate11
6HOH11
7ammonium sulphate12
8magnesium chloride12
9sodium chloride12
10potassium chloride12
11potassium cacodylate12
12HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日 / 詳細: Monochromator
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.69 Å / Num. all: 10055 / Num. obs: 10055 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.86 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.94 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 1041 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KF1

1kf1


解像度: 2.1→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 5.422 / SU ML: 0.152 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29491 478 4.8 %RANDOM
Rwork0.23409 ---
obs0.23409 9497 91.26 %-
all-9497 --
原子変位パラメータBiso mean: 26.776 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20.53 Å2
2---1.42 Å20 Å2
3---1.15 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.267 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 950 256 158 1364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0211340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.80432042
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.02649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3420.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3310.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.298
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1070.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.24
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77931986
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2264.52042
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 37 -
Rwork0.317 693 -
obs-693 95.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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