PDB-5mao: HERA HELICASE RNA BINDING DOMAIN with TNCS in P212121

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mao

タイトル

HERA HELICASE RNA BINDING DOMAIN with TNCS in P212121

要素

Heat resistant RNA dependent ATPase

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE / RNA HELICASE / RNA RECOGNITION MOTIF / ATP-BINDING / HELICASE / NUCLEOTIDE-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleic acid binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of HERA CTD
著者: Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.

履歴

登録	2016年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mao.cif.gz	69 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mao.ent.gz	50.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mao_validation.pdf.gz	437.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mao_full_validation.pdf.gz	438 KB	表示
XML形式データ	5mao_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	5mao_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/5mao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/5mao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i31S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xvc-d 6i09-d 6g99-d 1rzs-d 1koy-d 3q6c-3 6i0n-d 1kbe-d 1kbf-d 4ung-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heat resistant RNA dependent ATPase

B: Heat resistant RNA dependent ATPase

ヘテロ分子

15.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heat resistant RNA dependent ATPase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heat resistant RNA dependent ATPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.510, 48.270, 64.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Heat resistant RNA dependent ATPase 分子量: 7601.699 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 421-491 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) 遺伝子: TT_C1895 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72GF3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: unknown

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年6月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→38.75 Å / Num. obs: 26573 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.87 % / B_iso Wilson estimate: 15.6 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_rim(I) all: 0.139 / Χ²: 0.977 / Net I/σ(I): 6.67 / Num. measured all: 129298

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.35-1.39	1.69	0.86	0.286	1	96
1.39-1.42	1.425	1.05	0.434	1	96.9
1.42-1.46	1.31	1.18	0.462	1	96.9
1.46-1.51	1.068	1.5	0.64	1	96.1
1.51-1.56	0.837	2.11	0.777	1	96.4
1.56-1.61	0.698	2.44	0.844	1	96.1
1.61-1.67	0.591	2.79	0.879	1	95.8
1.67-1.74	0.481	3.62	0.898	1	96.9
1.74-1.82	0.339	5.67	0.949	1	98.1
1.82-1.91	0.291	6.66	0.964	1	97.8
1.91-2.01	0.199	9	0.982	1	98.4
2.01-2.13	0.149	10.06	0.985	1	98.6
2.13-2.28	0.132	11.03	0.987	1	95.7
2.28-2.46	0.101	12.54	0.992	1	98.7
2.46-2.7	0.088	13.75	0.994	1	98.8
2.7-3.02	0.075	15.54	0.994	1	98.8
3.02-3.49	0.062	17.69	0.996	1	97.6
3.49-4.27	0.057	20.14	0.997	1	97.4
4.27-6.04	0.046	19.57	0.997	1	98.4
6.04-38.75	0.045	19.59	0.997	1	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.11_2558	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3i31

3i31

解像度: 1.35→38.747 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.66

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2488	1287	4.86 %	random
R_work	0.2379	-	-	-
obs	0.2385	26504	97.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.66 Å² / B_iso mean: 22.1259 Å² / B_iso min: 10.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.35→38.747 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1070	0	5	114	1189
B_iso mean	-	-	18.96	28.58	-
残基数	-	-	-	-	142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1098
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.802	1484
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	160
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	197
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	29.632	424

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3501-1.4041	0.3873	151	0.369	2726	2877	96
1.4041-1.468	0.4398	162	0.3791	2734	2896	97
1.468-1.5454	0.3743	150	0.3701	2737	2887	96
1.5454-1.6423	0.3911	134	0.3577	2720	2854	96
1.6423-1.7691	0.3558	133	0.3379	2769	2902	96
1.7691-1.9471	0.2783	153	0.2339	2800	2953	98
1.9471-2.2288	0.2454	113	0.2075	2864	2977	98
2.2288-2.8079	0.1985	142	0.2135	2868	3010	98
2.8079-38.7625	0.1897	149	0.1891	2999	3148	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2399	1.6519	3.0322	1.2898	2.5615	7.0091	0.0178	-0.0354	0.0091	0.1256	0.0304	-0.0954	0.0965	0.0531	-0.0292	0.114	0.0325	0.0122	0.1112	-0.0027	0.1852	13.1195	26.7632	36.841
2	7.5111	-2.6282	-3.1322	3.9243	-2.5696	7.4094	0.1018	0.2348	-0.1743	-0.1649	-0.1039	0.1793	0.1602	-0.2562	-0.0096	0.1132	-0.0217	-0.0384	0.1013	-0.0209	0.166	0.2464	19.1109	25.0808
3	4.3691	0.4529	-1.0401	4.2567	0.9285	6.5042	0.0367	0.0166	-0.2248	0.0601	0.0054	-0.0457	0.2287	-0.0113	-0.0197	0.0938	0.021	-0.026	0.0663	0.0098	0.1414	7.5294	20.0849	32.0948
4	2.2386	2.2059	-3.4301	3.7834	-4.9354	9.11	-0.0165	-0.0482	-0.1254	0.1811	-0.0283	-0.0473	-0.0758	-0.0083	0.0278	0.1188	0.0099	-0.013	0.12	0.0053	0.1725	6.3749	-2.6471	19.422
5	7.7397	-2.7489	4.0489	4.4359	-0.4113	5.217	-0.0177	-0.0332	0.2613	-0.0962	-0.0465	-0.2903	-0.1796	0.133	0.0782	0.1063	-0.024	0.0415	0.0975	-0.0028	0.1578	19.3931	5.4529	8.4947
6	5.5198	0.3021	1.0169	4.7281	-2.0866	5.1054	-0.0647	-0.0897	0.0805	0.1435	0.1488	0.0201	-0.2273	0.009	-0.0821	0.123	0.0093	0.0153	0.0877	-0.0146	0.1241	11.5268	3.824	14.5933

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 421 through 441 )	A	421 - 441
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 442 through 456 )	A	442 - 456
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 457 through 491 )	A	457 - 491
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 421 through 441 )	B	421 - 441
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 442 through 457 )	B	442 - 457
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 458 through 491 )	B	458 - 491

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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