PDB-3qo1: Monoclinic form of IgG1 Fab fragment (apo form) sharing same Fv as IgA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qo1

タイトル

Monoclinic form of IgG1 Fab fragment (apo form) sharing same Fv as IgA

要素

Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN G1 HEAVY CHAIN
Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN G1 LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / antibody / serum

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Trajtenberg, F. / Correa, A. / Buschiazzo, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of a human IgA1 Fab fragment at 1.55 angstrom resolution: potential effect of the constant domains on antigen-affinity modulation
著者: Correa, A. / Trajtenberg, F. / Obal, G. / Pritsch, O. / Dighiero, G. / Oppezzo, P. / Buschiazzo, A.

履歴

登録	2011年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qo1.cif.gz	179.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qo1.ent.gz	141.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qo1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/3qo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/3qo1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m8oC 3qnxC 3qnyC 3qnzC 2eh7S 3qo0 4ll3 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dwc-1 3nz8-1 1cly-d 1vpo-d 5mvj-2 1m7i-d 5wuv-d 5e2w-d 1rul-d 6wwc-2 6rlm-3 5mx3-1 7jwq-1 3bdy-1 4p3c-d 6dc7-1 6xul-2 1rua-d 2eh7-d 5d1z-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN G1 LIGHT CHAIN

B: Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN G1 HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.297, 67.214, 68.952
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.390, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN G1 LIGHT CHAIN 分子量: 24009.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN G1 HEAVY CHAIN 分子量: 23200.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Na citrate, 20% isopropanol, 16% PEG 4000, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 108 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月26日

放射

モノクロメーター: varimax-HF multilayer mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→67.214 Å / Num. all: 18623 / Num. obs: 18623 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 43.59 Å² / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.3 %

解像度 (Å)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.4-2.53	0.591	0.497	1.5	8764	2695	0.316	0.591	0.497	2.7	100
2.53-2.68	0.445	0.374	2.1	8447	2590	0.238	0.445	0.374	3.6	100
2.68-2.87	0.308	0.26	3	7832	2384	0.164	0.308	0.26	4.9	100
2.87-3.1	0.196	0.165	4.7	7438	2255	0.105	0.196	0.165	7	100
3.1-3.39	0.117	0.098	7.8	6851	2073	0.062	0.117	0.098	11.2	100
3.39-3.79	0.078	0.065	11.5	6256	1887	0.042	0.078	0.065	16.7	100
3.79-4.38	0.059	0.049	14.3	5515	1660	0.031	0.059	0.049	21	100
4.38-5.37	0.045	0.038	18.4	4726	1425	0.024	0.045	0.038	24.7	100
5.37-7.59	0.05	0.043	16.6	3608	1085	0.027	0.05	0.043	20.8	99.3
7.59-19.284	0.032	0.027	23.2	1888	569	0.017	0.032	0.027	30	92

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
AMoRE		位相決定
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EH7

2eh7

解像度: 2.4→19.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9423 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9018 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: TLS refinement has been employed

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2238	879	4.72 %	RANDOM
R_work	0.1661	-	-	-
all	0.1687	18608	-	-
obs	0.1687	18608	99.65 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.68 Å² / B_iso mean: 31.9804 Å² / B_iso min: 10.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.7149 Å²	0 Å²	0.2114 Å²
2-	-	0.8284 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.5433 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.267 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3301	0	12	185	3498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	3381	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.28	4588	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1148	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		74	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		494	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3381	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.66
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.27
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		446	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3805	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.54 Å / Total num. of bins used: 9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2783	138	4.61 %
R_work	0.2016	2858	-
all	0.2052	2996	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2224	0.0519	0.0626	0.1805	-0.2418	1.7522	0.0413	0.1612	-0.0106	-0.0345	-0.0608	0.0003	0.0697	0.124	0.0194	-0.0569	0.0232	-0.0001	-0.0136	-0.0127	-0.0081	26.589	-5.3741	12.7
2	2.1346	-0.026	-0.3748	0.9165	0.291	0.6109	0.0069	-0.1083	-0.0157	0.1121	-0.0021	-0.0394	0.0148	0.0072	-0.0047	-0.031	-0.0077	-0.0018	-0.0387	0.0065	-0.0186	-0.2487	-4.586	39.5595
3	1.7239	0.2488	-0.8738	1.4164	-0.4615	1.9253	0.0031	0.1226	0.128	-0.096	-0.0746	0.0356	-0.0159	-0.0539	0.0715	-0.0616	-0.0022	-0.0326	-0.026	-0.0028	-0.028	8.9763	2.0539	0.5201
4	0.9803	0.1423	0.1938	1.108	0.5044	0.7878	0.0418	-0.0939	-0.0302	0.0187	-0.0493	-0.1104	-0.0793	-0.0733	0.0075	-0.0369	-0.0145	0.0093	-0.0484	0.0163	0.0116	-1.661	7.961	30.0179

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|114 }	A	1 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|115 - A\|219 }	A	115 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|2 - B\|119 }	B	2 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|120 - B\|220 }	B	120 - 220

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)