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- PDB-3qkj: The PWWP domain of human DNA (CYTOSINE-5-)-METHYLTRANSFERASE 3 BE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qkj
タイトルThe PWWP domain of human DNA (CYTOSINE-5-)-METHYLTRANSFERASE 3 BETA in complex with a bis-tris molecule
要素DNA cytosine-5 methyltransferase 3 beta isoform 6 variant
キーワードTRANSFERASE / DNMT3B / PWWP DOMAIN / METHYLTRANSFERASE 3 BETA / SGC / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / ZINC-FINGER / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / catalytic complex / DNA methylation / PRC2 methylates histones and DNA / methyltransferase activity / Defective pyroptosis ...DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / catalytic complex / DNA methylation / PRC2 methylates histones and DNA / methyltransferase activity / Defective pyroptosis / NoRC negatively regulates rRNA expression / transcription corepressor activity / methylation / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PWWP, helical domain / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / : / DNMT3, ADD PHD zinc finger / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / DNMT3, cysteine rich ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site ...PWWP, helical domain / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / : / DNMT3, ADD PHD zinc finger / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / DNMT3, cysteine rich ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / SH3 type barrels. - #140 / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / SH3 type barrels. / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA cytosine-5 methyltransferase 3 beta isoform 6 variant / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Zeng, H. / Amaya, M.F. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural and Histone Binding Ability Characterizations of Human PWWP Domains.
著者: Wu, H. / Zeng, H. / Lam, R. / Tempel, W. / Amaya, M.F. / Xu, C. / Dombrovski, L. / Qiu, W. / Wang, Y. / Min, J.
履歴
登録2011年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA cytosine-5 methyltransferase 3 beta isoform 6 variant
B: DNA cytosine-5 methyltransferase 3 beta isoform 6 variant
C: DNA cytosine-5 methyltransferase 3 beta isoform 6 variant
D: DNA cytosine-5 methyltransferase 3 beta isoform 6 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,43714
ポリマ－67,0244
非ポリマー1,41310
水4,738263
1
A: DNA cytosine-5 methyltransferase 3 beta isoform 6 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1574
ポリマ－16,7561
非ポリマー4013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA cytosine-5 methyltransferase 3 beta isoform 6 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1574
ポリマ－16,7561
非ポリマー4013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA cytosine-5 methyltransferase 3 beta isoform 6 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9652
ポリマ－16,7561
非ポリマー2091
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA cytosine-5 methyltransferase 3 beta isoform 6 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1574
ポリマ－16,7561
非ポリマー4013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.544, 74.544, 160.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
DNA cytosine-5 methyltransferase 3 beta isoform 6 variant


分子量: 16755.896 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 293-442 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q59H79, UniProt: Q9UBC3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.93 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日
放射モノクロメーター: si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 62267 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 51.72 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→34.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9567 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9454 / SU B: 4.788 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2284 3163 5.08 %RANDOM
Rwork0.2088 ---
obs0.2098 62267 98.4 %-
all-59117 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6355 Å20 Å20 Å2
2--0.6355 Å20 Å2
3----1.271 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→34.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4106 0 86 263 4455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014330HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.975842HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1405SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes71HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes634HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4278HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 213 5.17 %
Rwork0.253 3907 -
all0.253 4120 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.08922.5632-0.75242.4553-0.42261.68880.0455-0.21840.0698-0.0313-0.13080.0293-0.07910.01720.0853-0.0927-0.0572-0.0528-0.0298-0.0003-0.08636.70154.143834.2364
25.44462.4279-0.71482.0917-0.26261.7439-0.20030.10020.0979-0.06420.12010.0449-0.0255-0.07870.0801-0.0955-0.0591-0.0211-0.0314-0.0441-0.08489.293738.242130.9742
31.6835-0.69890.15823.64640.35268.21210.3775-0.0693-0.1255-0.6515-0.09820.25520.45240.2191-0.27930.0549-0.0255-0.0474-0.27270.011-0.134141.194276.668414.7812
42.3219-1.01240.10412.66580.14217.7142-0.2953-0.28560.15090.34080.5898-0.21750.44430.2854-0.2945-0.20140.1304-0.0188-0.0031-0.044-0.12662.066545.654150.5457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }0
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }0
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }0
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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