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- PDB-3qjo: Refined Structure of the functional unit (KLH1-H) of keyhole limp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qjo
タイトルRefined Structure of the functional unit (KLH1-H) of keyhole limpet hemocyanin
要素Hemocyanin 1
キーワードOXYGEN BINDING / PF00264 / hemolymph
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2570 / Haemocyanin C-terminal domain / Hemocyanin; Chain: A, domain 2 / Haemocyanin beta-sandwich domain / Haemocyanin C-terminal domain superfamily / Haemocyanin beta-sandwich / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : ...Immunoglobulin-like - #2570 / Haemocyanin C-terminal domain / Hemocyanin; Chain: A, domain 2 / Haemocyanin beta-sandwich domain / Haemocyanin C-terminal domain superfamily / Haemocyanin beta-sandwich / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Hemocyanin 1 / Hemocyanin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Megathura crenulata (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Jaenicke, E. / Buchler, K. / Decker, H. / Markl, J. / Schroder, G.F.
引用
ジャーナル: Iubmb Life / 年: 2011
タイトル: The refined structure of functional unit h of keyhole limpet hemocyanin (KLH1-h) reveals disulfide bridges.
著者: Jaenicke, E. / Buchler, K. / Decker, H. / Markl, J. / Schroder, G.F.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010
タイトル: Cupredoxin-like domains in haemocyanins.
著者: Jaenicke, E. / Buchler, K. / Markl, J. / Decker, H. / Barends, T.R.
履歴
登録2011年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.52025年3月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_database_related
Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _pdbx_database_related.content_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemocyanin 1
B: Hemocyanin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5026
ポリマ－113,2482
非ポリマー2544
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area38730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)251.020, 251.020, 251.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Hemocyanin 1


分子量: 56623.797 Da / 分子数: 2 / 断片: collar subunit (UNP RESIDUES 2912-3406) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Megathura crenulata (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q53IP9, UniProt: Q10583*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 9% PEG 1000, 50mM phosphate/citrate buffer, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月22日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→30 Å / Num. obs: 22294 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.18
反射 シェル解像度: 4→4.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
RESOLVEモデル構築
直接法モデル構築
CNS精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
RESOLVE位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JS8, 2CBP

1js8

2cbp


解像度: 4→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: DEN refinement
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2933 1872 RANDOM
Rwork0.2712 --
all0.2731 22363 -
obs0.2731 22294 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7990 0 4 0 7994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.855
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
4-4.140.43841740.3965X-RAY DIFFRACTION22053
4.14-4.310.3961530.3855X-RAY DIFFRACTION22343
4.31-4.50.34181810.3393X-RAY DIFFRACTION22003

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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