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- PDB-1e1h: Crystal Structure of recombinant Botulinum Neurotoxin Type A Ligh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e1h
タイトルCrystal Structure of recombinant Botulinum Neurotoxin Type A Light Chain, self-inhibiting Zn endopeptidase.
要素(BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A LIGHT CHAIN) x 2
キーワードHYDROLASE / NEUROTOXIN / ZN-ENDOPEPTIDASE / COMPLEX / SUBSTRATE BOUND / BOTULINUM / INHIBITOR BOUND
機能・相同性
機能・相同性情報


bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #540 / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain fold / Clostridium neurotoxins / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #540 / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain fold / Clostridium neurotoxins / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Few Secondary Structures / Irregular / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type A2
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Knapp, M. / Rupp, B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Clostridium Botulinum Neurotoxin Protease in a Product-Bound State: Evidence for Noncanonical Zinc Protease Activity
著者: Segelke, B.W. / Knapp, M. / Kadhkodayan, S. / Balhorn, R. / Rupp, B.
履歴
登録2000年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月10日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A LIGHT CHAIN
B: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A LIGHT CHAIN
C: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A LIGHT CHAIN
D: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,5576
ポリマ－105,4264
非ポリマー1312
水13,836768
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18930 Å2
ΔGint-197.3 kcal/mol
Surface area34360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.064, 94.263, 100.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.8397, 0.5389, -0.0674), (0.5406, 0.8178, -0.1973), (-0.0512, -0.2021, -0.978)3.2947, 3.9508, 48.0381
2given(-0.8397, 0.5406, -0.0512), (0.5389, 0.8178, -0.2021), (-0.0674, -0.1973, -0.978)-3.2947, -3.9508, -48.0381

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要素

#1: タンパク質 BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A LIGHT CHAIN / BONT/A LC


分子量: 32153.004 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 10-250 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
株: KYOTO-F / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): BLR DE-3 / 参照: UniProt: Q45894, bontoxilysin
#2: タンパク質 BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A LIGHT CHAIN / BONT/A LC


分子量: 20560.143 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 252-416 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HOMODIMER, CONTAINING CLEAVED SUBSTRATE ANALOG (LOOP 245-255) IN ACTIVE SITE
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
株: KYOTO-F / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): BLR DE-3 / 参照: UniProt: Q45894, bontoxilysin
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 768 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TER TYR: PEPTIDE CHAIN CLEAVED AT AA 249 AND 250. HIS: PEPTIDE CHAIN CLEAVED AT AA 249 AND 250.
配列の詳細EXPERIMENTAL PROTEIN HAS 6XHIS-TAG AND S-TAG AT N-TERMINUS FOLLOWED BY RESIDUES 9-415 OF NCBI: ...EXPERIMENTAL PROTEIN HAS 6XHIS-TAG AND S-TAG AT N-TERMINUS FOLLOWED BY RESIDUES 9-415 OF NCBI:CBNTOXA, THEN A C-TERM 6XHIS-TAG WITH A 2 RESIDUE LEADER (LE). SEQUENCE IN COORDINATE FILE IS NUMBERED AS IN NCBI:CBNTOXA RESIDUES 7&8 ARE FROM THE AFFINITY TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, DROP: 4UL 5MG/ML PROTEIN & 2UL WELL. PROTEIN: 0.05M TRIS PH 8.0,10% GLYCEROL, 0.1% TRITON X-100,1.0MM 2-ME,4% XYLITOL. WELL: 0.2M (NH4)2SO4,0.1M NAOAC PH 4.6, 25% PEG4000.
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mg/mlprotein1drop
20.1 %triton X-1001drop
325 mMTris1droppH8.0
410 %(v/v)glycerol1drop
51 mMMPD1drop
60.2 Mammonium sulfate1reservoir
70.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
825 %(w/v)PEG40001reservoir
93 %xylitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 125 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月15日 / 詳細: DOUBLE FOCUSSING
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.34 Å / Num. obs: 93168 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 24.47 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.383 / % possible all: 95.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / 冗長度: 1.9 % / Num. unique obs: 6918 / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LC COORDINATES OF PDB ENTRY 3BTA

3bta


解像度: 1.8→19.34 Å / SU B: 2.746 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.127
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 4649 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs-92076 95.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6460 0 2 768 7230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0270.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.9042
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.6463
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.4543
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.0514
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1910.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1820.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2760.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1430.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.217
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.9515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor26.2120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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