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- PDB-3qfv: MRCK beta in complex with TPCA-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qfv
タイトルMRCK beta in complex with TPCA-1
要素CDC42BPB protein
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Protein kinase domain of MRCK beta in complex with TPCA-1 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


actomyosin / actomyosin structure organization / establishment or maintenance of cell polarity / RHOJ GTPase cycle / cell leading edge / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / cytoskeleton organization / small GTPase binding / cell-cell junction ...actomyosin / actomyosin structure organization / establishment or maintenance of cell polarity / RHOJ GTPase cycle / cell leading edge / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / cytoskeleton organization / small GTPase binding / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase MRCK beta, catalytic domain / KELK-motif containing domain / KELK-motif containing domain of MRCK Ser/Thr protein kinase / Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / : / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. ...Serine/threonine-protein kinase MRCK beta, catalytic domain / KELK-motif containing domain / KELK-motif containing domain of MRCK Ser/Thr protein kinase / Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / : / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NM7 / non-specific serine/threonine protein kinase / Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Heikkila, T.J. / Wheatley, E. / Crighton, D. / Schroder, E. / Boakes, A. / Kaye, S.J. / Mezna, M. / Pang, L. / Rushbrooke, M. / Turnbull, A. / Olson, M.F.
引用ジャーナル: Plos One / : 2011
タイトル: Co-crystal structures of inhibitors with MRCK beta , a key regulator of tumor cell invasion.
著者: Heikkila, T. / Wheatley, E. / Crighton, D. / Schroder, E. / Boakes, A. / Kaye, S.J. / Mezna, M. / Pang, L. / Rushbrooke, M. / Turnbull, A. / Olson, M.F.
履歴
登録2011年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDC42BPB protein
B: CDC42BPB protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,31410
ポリマ-95,4742
非ポリマー8408
2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area33560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.810, 123.360, 85.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CDC42BPB protein


分子量: 47737.125 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC42BPB, MRCK beta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86XZ8, UniProt: Q9Y5S2*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 124分子

#2: 化合物 ChemComp-NM7 / 2-(carbamoylamino)-5-(4-fluorophenyl)thiophene-3-carboxamide / TPCA-1


分子量: 279.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C12H10FN3O2S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.63→44.03 Å / Num. all: 25154 / Num. obs: 25154 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MRCK beta in complex with Fasudil

解像度: 2.65→39.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 29.304 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.382 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26757 1254 5 %RANDOM
Rwork0.19215 ---
obs0.19599 23670 94.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.844 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.82 Å20 Å20.73 Å2
2---1.58 Å20 Å2
3---3.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→39.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6226 0 53 116 6395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.9598700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.175787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.95124.242297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.355151054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4381531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6291.53928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22726295
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8932492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1454.52405
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 81 -
Rwork0.254 1630 -
obs--89.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.71963.974-0.37057.97980.94892.678-0.28990.3945-0.2124-0.74570.2026-0.42790.1944-0.0370.08730.17640.16150.07170.32980.0380.233712.9141-42.117311.4714
21.32521.38240.10935.66481.92580.59130.2649-0.23760.0040.5825-0.38060.39640.1028-0.18510.11570.1341-0.03320.05620.2068-0.01450.1199-7.4921-48.021726.8955
30.79490.03150.11972.10250.56570.20740.07160.01550.02450.0325-0.11590.09720.0295-0.13280.04430.0678-0.03710.01560.1771-0.02660.1072-3.6313-68.867118.2734
40.532-0.36040.50131.9991.38671.80860.05190.00660.0807-0.0807-0.031-0.0569-0.0071-0.0892-0.02080.1006-0.05850.01280.140.01240.11375.9582-74.945315.3225
50.7956-1.8091.53974.7172-0.30792.8224-0.1102-0.08970.27151.13250.3055-0.34470.20960.214-0.19520.3487-0.0033-0.03260.1765-0.08780.229113.8829-74.815831.2555
61.81813.10330.16985.80311.50850.80180.1184-0.15640.14850.3248-0.1330.13320.1750.01410.01460.125-0.0592-0.03790.13820.01260.17413.1622-80.677523.6869
74.8382.44770.9229.57944.7218.54690.26-0.7473-0.72681.0638-0.4188-0.23250.7966-0.41020.15880.132-0.0634-0.01430.11140.110.09759.1177-91.840329.6442
83.67461.29550.98254.27850.37071.42130.13860.0817-0.1703-0.0652-0.0371-0.47560.20330.3275-0.10160.03760.0198-0.00550.0928-0.03490.182517.1463-89.044914.7666
93.4774-0.6045-0.15156.33251.95480.66680.21770.6109-0.5205-0.0937-0.34730.62680.0492-0.21380.12960.0593-0.0384-0.07770.1516-0.01110.1329-3.4657-75.44210.1256
101.34830.9119-0.15423.9884-4.37434.4954-0.13060.05120.0044-0.1665-0.0319-0.15420.02330.07620.16250.11930.00880.03330.1128-0.03660.12151.212-52.126815.1959
11-0.1227-0.72721.67444.7752-3.16023.1129-0.19130.24650.2388-0.7293-0.240.3403-0.09890.21730.43130.28780.1382-0.16120.2460.0010.4043-6.1849-40.230211.4167
121.55452.4169-0.9436.715-2.55730.77810.3843-0.35260.13040.6476-0.6033-0.6264-0.14430.24750.2190.1849-0.0767-0.05530.18860.03970.259314.1469-34.674526.7612
132.26420.5977-0.32052.2099-0.53620.979-0.0174-0.0439-0.04560.0447-0.1768-0.190.20830.07520.19420.0804-0.01140.00690.10950.05370.099810.4353-19.642420.9753
142.1732-1.40870.13374.3371-1.52810.50890.0360.08260.15410.0649-0.1301-0.2595-0.03340.08470.09410.0932-0.0241-0.02450.13910.02730.06797.0682-7.343814.8639
152.0137-0.4682-0.87192.2048-0.22741.24750.0999-0.1326-0.0730.23980.00250.12090.02880.0678-0.10240.0933-0.0527-0.01640.14190.0130.0336-2.4069-8.459624.0273
165.06954.4963-1.44147.5964-1.8444-0.05830.1206-0.21670.02130.2766-0.07530.1267-0.09790.0374-0.04520.153-0.0546-0.02120.0835-0.0110.1369-4.72851.3321.6929
172.0953-0.3833-2.111710.3605-6.94085.68870.2865-0.46050.65821.0824-0.0868-0.2082-0.92590.439-0.19970.3033-0.1980.02540.1802-0.1130.1427-3.075110.891329.9176
184.3641.65670.88478.0275-2.19892.25910.2714-0.0483-0.0416-0.1462-0.10770.6072-0.3036-0.3485-0.16370.16040.0791-0.00970.1541-0.00850.1965-11.76244.878314.7572
193.7237-1.1512-1.55646.6488-1.2920.44750.94320.92120.3795-0.7142-0.9109-0.60110.0846-0.0253-0.03230.32970.05390.12770.29740.00520.10078.5772-6.01048.6156
200.64531.7408-0.33134.68133.35338.1289-0.00630.0494-0.0169-0.1502-0.0857-0.03080.0061-0.10030.0920.06080.0674-0.02840.12210.03780.21675.5265-30.580718.0981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2A29 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3A91 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4A179 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5A224 - 254
6X-RAY DIFFRACTION6A255 - 273
7X-RAY DIFFRACTION7A274 - 303
8X-RAY DIFFRACTION8A304 - 345
9X-RAY DIFFRACTION9A346 - 396
10X-RAY DIFFRACTION10A397 - 415
11X-RAY DIFFRACTION11B2 - 28
12X-RAY DIFFRACTION12B29 - 90
13X-RAY DIFFRACTION13B91 - 134
14X-RAY DIFFRACTION14B135 - 192
15X-RAY DIFFRACTION15B193 - 256
16X-RAY DIFFRACTION16B257 - 277
17X-RAY DIFFRACTION17B278 - 307
18X-RAY DIFFRACTION18B308 - 343
19X-RAY DIFFRACTION19B344 - 393
20X-RAY DIFFRACTION20B394 - 415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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