+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qaz | ||||||
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Title | IL-2 mutant D10 ternary complex | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN/Cytokine / cytokine receptor signaling complex / SIGNALING PROTEIN-Cytokine complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information interleukin-7-mediated signaling pathway / mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation ...interleukin-7-mediated signaling pathway / mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / interleukin-2 receptor binding / positive regulation of plasma cell differentiation / response to tacrolimus / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / natural killer cell activation / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of regulatory T cell differentiation / : / kinase activator activity / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / negative regulation of B cell apoptotic process / Interleukin-2 signaling / cytokine receptor activity / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of dendritic spine development / cytokine binding / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / T cell differentiation / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Interleukin-7 signaling / negative regulation of protein phosphorylation / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / gene expression / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / T cell differentiation in thymus / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / carbohydrate binding / protein-containing complex assembly / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to ethanol / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / receptor complex / cell adhesion / endosome / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / cell surface / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.802 Å | ||||||
Authors | Levin, A.M. / Bates, D.L. / Ring, A.M. / Lin, J.T. / Su, L. / Krieg, C. / Bowman, G.R. / Novick, P. / Pande, V.S. / Khort, H.E. ...Levin, A.M. / Bates, D.L. / Ring, A.M. / Lin, J.T. / Su, L. / Krieg, C. / Bowman, G.R. / Novick, P. / Pande, V.S. / Khort, H.E. / Boyman, O. / Gathman, C.G. / Garcia, K.C. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012 Title: Exploiting a natural conformational switch to engineer an interleukin-2 'superkine' Authors: Levin, A.M. / Bates, D.L. / Ring, A.M. / Krieg, C. / Lin, J.T. / Su, L. / Moraga, I. / Raeber, M.E. / Bowman, G.R. / Novick, P. / Pande, V.S. / Fathman, C.G. / Boyman, O. / Garcia, K.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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PDB format | pdb3qaz.ent.gz | 2.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qaz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3qaz_validation.pdf.gz | 678.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Data in XML | 3qaz_validation.xml.gz | 200.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3qaz_validation.cif.gz | 265 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/3qaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/3qaz | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 15727.153 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: unp residues 21-153 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL2 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P60568 #2: Protein | Mass: 25044.402 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: unp residues 24-240 / Mutation: N29Q, N43Q, N71Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL2RB / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P14784 #3: Protein | Mass: 24195.963 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: unp residues 56-254 / Mutation: N75Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL2RG / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P31785 #4: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.02 Å3/Da / Density % sol: 69.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 100 mM Bis-Tris, 200 mM NH4SO4, 25% PEG-3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 20, 2010 |
Radiation | Monochromator: U50 Undulator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.8→52.2 Å / Num. all: 112967 / Num. obs: 111113 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 1.97 / Observed criterion σ(I): 2.08 / Redundancy: 2.1 % |
Reflection shell | Resolution: 3.8023→3.9381 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique all: 112735 / Rsym value: 0.229 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.802→52.191 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 1.97 / Phase error: 44.21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.16 Å / VDW probe radii: 0.5 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.719 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.802→52.191 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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