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- PDB-3pmo: The structure of LpxD from Pseudomonas aeruginosa at 1.3 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pmo
タイトルThe structure of LpxD from Pseudomonas aeruginosa at 1.3 A resolution
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Lipid A biosynthesis pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能
UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins ...UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Badger, J. / Chie-Leon, B. / Logan, C. / Sridhar, V. / Sankaran, B. / Zwart, P.H. / Nienaber, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: The structure of LpxD from Pseudomonas aeruginosa at 1.3 A resolution.
著者: Badger, J. / Chie-Leon, B. / Logan, C. / Sridhar, V. / Sankaran, B. / Zwart, P.H. / Nienaber, V.
履歴
登録2010年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4264
ポリマ－38,2661
非ポリマー1603
水8,035446
1
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,27712
ポリマ－114,7993
非ポリマー4799
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area21030 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area38430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.190, 106.190, 93.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-450-

HOH

21A-477-

HOH

31A-509-

HOH

41A-517-

HOH

51A-597-

HOH

61A-654-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase


分子量: 38266.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: lpxD, PA3646 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9HXY6, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 mM Tris HCl, 1mM DTT, 500mM NaCl, 2 uL of 100 mM Tris, 1.5 M lithium sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→26.85 Å / Num. all: 96539 / Num. obs: 96539 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 14084 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→26.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.125 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18532 4827 5 %RANDOM
Rwork0.1644 ---
all0.16546 91655 --
obs0.16546 91655 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.634 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2577 0 9 446 3032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1711.9463674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.045357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.15123.661112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.70915447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4441519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.99621754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5382.52806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8313961
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8424.5867
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.94832715
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.2423447
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.89432669
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.389 346
Rwork0.376 6765

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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