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万見
- PDB-5j12: Structure of human TSLP:TSLPR in complex with mouse IL-7Ralpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j12
タイトルStructure of human TSLP:TSLPR in complex with mouse IL-7Ralpha
要素
  • Cytokine receptor-like factor 2
  • Interleukin-7 receptor subunit alpha
  • Thymic stromal lymphopoietin
キーワードSIGNALING PROTEIN / cytokine inflammation TSLP signaling complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / interleukin-7 receptor binding / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / interleukin-7 receptor activity / positive regulation of mast cell activation / Interleukin-7 signaling / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT ...positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / interleukin-7 receptor binding / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / interleukin-7 receptor activity / positive regulation of mast cell activation / Interleukin-7 signaling / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / interleukin-7-mediated signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of T cell apoptotic process / cellular homeostasis / cytokine receptor activity / regulation of cell size / cytokine binding / T cell homeostasis / B cell homeostasis / B cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / T cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / lymph node development / defense response to fungus / coreceptor activity / positive regulation of chemokine production / Interleukin-7 signaling / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / T cell mediated cytotoxicity / cell morphogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of inflammatory response / T cell differentiation in thymus / defense response to Gram-negative bacterium / gene expression / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymic stromal lymphopoietin / Immunoglobulin-like - #1870 / Thymic stromal lymphopoietin / Thymic stromal lymphopoietin superfamily / Thymic stromal lymphopoietin / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain ...Thymic stromal lymphopoietin / Immunoglobulin-like - #1870 / Thymic stromal lymphopoietin / Thymic stromal lymphopoietin superfamily / Thymic stromal lymphopoietin / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-7 receptor subunit alpha / Thymic stromal lymphopoietin / Cytokine receptor-like factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Verstraete, K. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human TSLP:TSLPR in complex with mouse IL-7Ralpha
著者: Verstraete, K. / Savvides, S.N.
履歴
登録2016年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymic stromal lymphopoietin
B: Interleukin-7 receptor subunit alpha
C: Cytokine receptor-like factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4669
ポリマ－70,5143
非ポリマー9526
水905
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.442, 125.442, 194.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Thymic stromal lymphopoietin


分子量: 18522.500 Da / 分子数: 1 / 変異: N64Q,K126S + residues 127-131 were deleted / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The signal peptide (residues 1 - 28) is removed from the mature protein.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSLP / プラスミド: pHL-hTSLP-N64Q-K126S-delta127-131 / 詳細 (発現宿主): transient transfection / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT1-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969D9
#2: タンパク質 Interleukin-7 receptor subunit alpha / IL-7RA


分子量: 25431.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Before crystallisation, the N-terminal His-tag (residues 1 - 17, MGSSHHHHHHSSGLVPR) was removed by thrombin cleavage.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il7r / プラスミド: pET15b-mIL7alpha
詳細 (発現宿主): ORF cloned between NdeI and BamHI sites
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16872
#3: タンパク質 Cytokine receptor-like factor 2 / Cytokine receptor-like 2 / IL-XR / Thymic stromal lymphopoietin protein receptor / TSLP receptor


分子量: 26559.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRLF2, CRL2, ILXR, TSLPR / プラスミド: pHL-hTSLPR / 詳細 (発現宿主): transient transfection / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT1-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HC73

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糖 , 1種, 3分子

#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.53 M ammonium sulfate 0.1 M sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→50 Å / Num. obs: 11341 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 125.17 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 3.55→3.76 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rrim(I) all: 1.122 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSVERSION January 10, 2014データ削減
PHASER位相決定
Coot0.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 4NN5

4nn5


解像度: 3.55→47.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9198 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9287 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.467
詳細: - rigid body refinement (single rigid body per domain) in Phenix - Iterative cycles of refinement in autoBuster, model (re)building and validation: xyz coordinate refinement individual B- ...詳細: - rigid body refinement (single rigid body per domain) in Phenix - Iterative cycles of refinement in autoBuster, model (re)building and validation: xyz coordinate refinement individual B-factors TLS parameterisation with one TLS-group per domain target restraints: chain A,C --> chain A,C in the 2.55 Angstrom structure of the human ternary TSLP complex chain B --> chain B of pdb 2NN5 automatic X-ray weight optimisation structure validation in COOT, Phenix (Molprobity) and PDB_REDO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2253 567 5 %RANDOM
Rwork0.2139 ---
obs0.2145 11336 98.53 %-
原子変位パラメータBiso mean: 152.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.7301 Å20 Å20 Å2
2--8.7301 Å20 Å2
3----17.4602 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.475 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.55→47.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3757 0 57 5 3819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113921HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.195390HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1196SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes70HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes593HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3921HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.85
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion568SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4185SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.55→3.89 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 131 4.98 %
Rwork0.2188 2500 -
all0.221 2631 -
obs--98.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4312-1.7510.22853.54390.66013.405-0.1012-0.1277-0.02990.29460.2107-0.361-0.24910.6593-0.1096-0.23850.1247-0.0870.03350.081-0.0822-9.5352-37.0244-21.4558
25.1297-1.4518-1.176512.54861.88532.52550.07880.6451-0.2833-1.7896-0.00290.31971.53890.3029-0.07580.61460.6875-0.3381-0.5777-0.0354-0.6841-7.5029-67.7469-26.4044
36.20414.1026-4.08712.6692-3.81977.50590.2978-0.7045-0.38870.3275-0.04191.66091.1707-0.7436-0.25590.0911-0.02930.1034-0.77720.43980.5742-29.1279-67.4043-6.5947
410.40382.2788-0.49377.23692.14494.13610.1003-0.99160.80870.01290.1183-0.5228-1.24270.8426-0.2186-0.0240.0369-0.0918-0.1502-0.0414-0.2508-16.0846-19.245-1.5883
55.70962.0537-0.22247.89942.15057.7617-0.1167-1.0315-0.7610.7488-0.72891.44591.1574-1.11610.8457-0.26630.02450.187-0.32550.087-0.0054-35.6692-43.6683-2.7882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|29 - 501}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|38 - 125}
3X-RAY DIFFRACTION3{B|126 - 232}
4X-RAY DIFFRACTION4{C|30 - 116}
5X-RAY DIFFRACTION5{C|117 -501}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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