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- PDB-5j11: Structure of human TSLP in complex with TSLPR and IL-7Ralpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j11
タイトルStructure of human TSLP in complex with TSLPR and IL-7Ralpha
要素
  • Cytokine receptor-like factor 2
  • Interleukin-7 receptor subunit alpha
  • Thymic stromal lymphopoietin
キーワードSIGNALING PROTEIN / cytokine inflammation TSLP signaling complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / interleukin-7 receptor activity / interleukin-7 receptor binding / positive regulation of mast cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of DNA recombination / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell differentiation in thymus ...positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / interleukin-7 receptor activity / interleukin-7 receptor binding / positive regulation of mast cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of DNA recombination / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of T cell apoptotic process / cytokine receptor activity / regulation of cell size / cytokine binding / B cell proliferation / T cell homeostasis / positive regulation of interleukin-10 production / B cell homeostasis / hemopoiesis / defense response to fungus / lymph node development / positive regulation of chemokine production / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Interleukin-7 signaling / cytokine activity / antigen binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cell morphogenesis / T cell mediated cytotoxicity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of interleukin-6 production / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / gene expression / T cell differentiation in thymus / defense response to Gram-negative bacterium / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymic stromal lymphopoietin / Thymic stromal lymphopoietin / Thymic stromal lymphopoietin superfamily / Thymic stromal lymphopoietin / Immunoglobulin-like - #1870 / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D1 domain ...Thymic stromal lymphopoietin / Thymic stromal lymphopoietin / Thymic stromal lymphopoietin superfamily / Thymic stromal lymphopoietin / Immunoglobulin-like - #1870 / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D1 domain / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / : / Interleukin-7 receptor subunit alpha / Thymic stromal lymphopoietin / Cytokine receptor-like factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Verstraete, K. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure and antagonism of the receptor complex mediated by human TSLP in allergy and asthma.
著者: Kenneth Verstraete / Frank Peelman / Harald Braun / Juan Lopez / Dries Van Rompaey / Ann Dansercoer / Isabel Vandenberghe / Kris Pauwels / Jan Tavernier / Bart N Lambrecht / Hamida Hammad / ...著者: Kenneth Verstraete / Frank Peelman / Harald Braun / Juan Lopez / Dries Van Rompaey / Ann Dansercoer / Isabel Vandenberghe / Kris Pauwels / Jan Tavernier / Bart N Lambrecht / Hamida Hammad / Hans De Winter / Rudi Beyaert / Guy Lippens / Savvas N Savvides /
要旨: The pro-inflammatory cytokine thymic stromal lymphopoietin (TSLP) is pivotal to the pathophysiology of widespread allergic diseases mediated by type 2 helper T cell (Th2) responses, including asthma ...The pro-inflammatory cytokine thymic stromal lymphopoietin (TSLP) is pivotal to the pathophysiology of widespread allergic diseases mediated by type 2 helper T cell (Th2) responses, including asthma and atopic dermatitis. The emergence of human TSLP as a clinical target against asthma calls for maximally harnessing its therapeutic potential via structural and mechanistic considerations. Here we employ an integrative experimental approach focusing on productive and antagonized TSLP complexes and free cytokine. We reveal how cognate receptor TSLPR allosterically activates TSLP to potentiate the recruitment of the shared interleukin 7 receptor α-chain (IL-7Rα) by leveraging the flexibility, conformational heterogeneity and electrostatics of the cytokine. We further show that the monoclonal antibody Tezepelumab partly exploits these principles to neutralize TSLP activity. Finally, we introduce a fusion protein comprising a tandem of the TSLPR and IL-7Rα extracellular domains, which harnesses the mechanistic intricacies of the TSLP-driven receptor complex to manifest high antagonistic potency.
履歴
登録2016年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymic stromal lymphopoietin
B: Interleukin-7 receptor subunit alpha
C: Cytokine receptor-like factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2826
ポリマ－70,6903
非ポリマー5933
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area24620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.783, 66.644, 91.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Thymic stromal lymphopoietin


分子量: 16523.906 Da / 分子数: 1
変異: Residues 127 to 131 were deleted in the construct used for crystallisation.
由来タイプ: 組換発現
詳細: Before crystallisation, the N-terminal His-tag (residues 1 - 17, MGSSHHHHHHSSGLVPR) was removed by thrombin cleavage. Residues 127 to 131 of TSLP (127-RRKRK-131) (according to the reference ...詳細: Before crystallisation, the N-terminal His-tag (residues 1 - 17, MGSSHHHHHHSSGLVPR) was removed by thrombin cleavage. Residues 127 to 131 of TSLP (127-RRKRK-131) (according to the reference sequence numbering scheme for TSLP) were deleted in the construct used for crystallization.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSLP / プラスミド: pET15b-hTSLPdelta127-131
詳細 (発現宿主): ORF cloned between NdeI and BamHI sites
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q969D9
#2: タンパク質 Interleukin-7 receptor subunit alpha


分子量: 27592.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Before crystallisation, the N-terminal His-tag (residues 1 - 17, MGSSHHHHHHSSGLVPR) was removed by thrombin cleavage.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL7R / プラスミド: pET15b-hIL7Ralpha
詳細 (発現宿主): ORF cloned between NdeI and BamHI sites
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6RGV2, UniProt: P16871*PLUS
#3: タンパク質 Cytokine receptor-like factor 2 / Cytokine receptor-like 2 / IL-XR / Thymic stromal lymphopoietin protein receptor / TSLP receptor


分子量: 26573.562 Da / 分子数: 1 / 変異: N47Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The signal peptide (residues 1 - 24) is removed from the mature protein.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRLF2, CRL2, ILXR, TSLPR / プラスミド: pcDNA4/TO-hTSLPR-N47Q-His
詳細 (発現宿主): stable cell line, tetracycline inducible expression
細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT1-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HC73

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糖 , 1種, 2分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 30分子

#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.02 M Citric acid 0.08 M BIS-TRIS propane 16% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月30日
放射モノクロメーター: Si[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→50 Å / Num. obs: 24638 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 69.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.56→2.72 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rrim(I) all: 0.776 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSVERSION November 3, 2014データ削減
PHASER位相決定
Coot0.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: X-ray structure of human TSLP in complex with human TSLPR and mouse IL-7Ralpha; PDB 3DI2: chain B

3di2


解像度: 2.56→45.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9349 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.319 / SU Rfree Blow DPI: 0.219
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 1238 5.02 %RANDOM
Rwork0.1912 ---
obs0.1926 24638 97.65 %-
原子変位パラメータBiso mean: 88.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.2551 Å20 Å212.6844 Å2
2---2.5336 Å20 Å2
3----6.7216 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.328 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→45.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3966 0 38 29 4033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017863HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0914104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1679SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1172HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7863HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.73
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion549SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7975SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.67 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3351 138 5.04 %
Rwork0.2674 2600 -
all0.2708 2738 -
obs--89.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.44461.175-1.02645.6989-0.6781.7977-0.0655-0.0246-0.48460.025-0.1559-0.73210.03140.3730.2214-0.3384-0.04330.0083-0.0024-0.0301-0.0399290.263941.911336.0957
24.11530.554-0.50533.3084-1.14892.8863-0.1490.37050.2808-0.3638-0.569-1.1066-0.59981.01220.718-0.2394-0.2753-0.0120.08960.3058-0.0825303.27862.908719.9274
33.7777-1.44672.00612.2414-1.64712.9168-0.16760.10140.056-0.0009-0.03810.2181-0.81610.01380.20570.19460.0294-0.1174-0.161-0.0794-0.328274.252868.488813.6108
44.1416-0.3469-0.13195.5834-1.72092.67630.09990.186-0.87-0.4587-0.05890.23420.30640.0917-0.041-0.31620.0153-0.0137-0.1791-0.12330.0929267.4425.668539.5052
53.0353-2.53472.02326.8271-3.17024.2026-0.08510.09060.14710.12560.14650.6906-1.1017-0.4863-0.0614-0.09090.14860.0082-0.1282-0.1158-0.1312260.878756.328.2342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|37 - B|124 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|125 - B|231 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ C|29 - C|114 C|500}
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|115 - C|219 C|501}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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