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- PDB-3q8k: Crystal Structure of Human Flap Endonuclease FEN1 (WT) in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q8k
タイトルCrystal Structure of Human Flap Endonuclease FEN1 (WT) in complex with product 5'-flap DNA, SM3+, and K+
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*T)-3')
  • Flap endonuclease 1
キーワードHYDROLASE/DNA / helix-3 turn-helix / hydrophobic wedge / 3' flap binding site / hydrolase-DNA complex / DNA repair / replication / flap endonuclease / FEN / FEN1 / DNA / nuclease / 5' flap / ss-dsDNA junction / helix-2 turn-helix / H2TH / H3TH / divalent cation / helical gateway / cap / acid block / two metal mechanism / unpaired / 5' nuclease / human / long patch base excision repair
機能・相同性
機能・相同性情報


flap endonuclease activity / positive regulation of sister chromatid cohesion / telomere maintenance via semi-conservative replication / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / UV protection / DNA replication, removal of RNA primer / Removal of the Flap Intermediate / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand ...flap endonuclease activity / positive regulation of sister chromatid cohesion / telomere maintenance via semi-conservative replication / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / UV protection / DNA replication, removal of RNA primer / Removal of the Flap Intermediate / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / 5'-3' exonuclease activity / exonuclease activity / Early Phase of HIV Life Cycle / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / base-excision repair, gap-filling / double-strand break repair via homologous recombination / memory / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA repair / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease 1 / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region ...Flap endonuclease 1 / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / 5'-nuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HYDROXIDE ION / SAMARIUM (III) ION / DNA / DNA (> 10) / Flap endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2001 Å
データ登録者Tsutakawa, S.E. / Classen, S. / Chapados, B.R. / Arvai, A. / Finger, D.L. / Guenther, G. / Tomlinson, C.G. / Thompson, P. / Sarker, A.H. / Shen, B. ...Tsutakawa, S.E. / Classen, S. / Chapados, B.R. / Arvai, A. / Finger, D.L. / Guenther, G. / Tomlinson, C.G. / Thompson, P. / Sarker, A.H. / Shen, B. / Cooper, P.K. / Grasby, J.A. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Human Flap Endonuclease Structures, DNA Double-Base Flipping, and a Unified Understanding of the FEN1 Superfamily.
著者: Tsutakawa, S.E. / Classen, S. / Chapados, B.R. / Arvai, A.S. / Finger, L.D. / Guenther, G. / Tomlinson, C.G. / Thompson, P. / Sarker, A.H. / Shen, B. / Cooper, P.K. / Grasby, J.A. / Tainer, J.A.
履歴
登録2011年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flap endonuclease 1
D: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,14210
ポリマ－49,4844
非ポリマー6586
水10,233568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.438, 105.438, 105.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-396-

HOH

21A-571-

HOH

31A-637-

HOH

41A-651-

HOH

51A-713-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Flap endonuclease 1 / FEN-1 / DNase IV / Flap structure-specific endonuclease 1 / Maturation factor 1 / MF1 / hFEN-1


分子量: 38511.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FEN1, RAD2 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 DE3 pLysS cells
参照: UniProt: P39748, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 DEF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 5476.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*T)-3')


分子量: 3438.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 2058.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized

-
非ポリマー , 4種, 574分子

#5: 化合物
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.9 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 16% mPEG 2k, 20% saturated KCl, 0.5 mM Sm2(SO4)3, 10 mM Mg(NO3)2, 100 mM Hepes pH 7.0, 5% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, temperature 288K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2901
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.9796
シンクロトロンALS 12.3.121.116
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2010年4月1日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2010年3月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
21.1161
反射解像度: 2.2→34.462 Å / Num. all: 34291 / Num. obs: 34291 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym value% possible all
2.2-2.323.60.5570.60.557100
2.32-2.463.60.3392.10.339100
2.46-2.633.60.2412.70.241100
2.63-2.843.60.1783.40.178100
2.84-3.113.60.1244.70.12499.9
3.11-3.483.60.0866.20.08699.8
3.48-4.023.60.0735.30.07399.6
4.02-4.923.60.05411.40.05499
4.92-6.963.60.05510.30.05597.9
6.96-34.5033.40.049130.04979.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7_629精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RXW

1rxw


解像度: 2.2001→34.46 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.99 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2126 3236 5.1 %
Rwork0.1679 --
obs0.1702 34291 95.55 %
all-63390 -
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 86.56 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0229 Å20 Å2-0 Å2
2--4.0229 Å20 Å2
3----8.0458 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2001→34.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2691 732 6 568 3997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123793
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8645222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2821507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.23290.32881660.30092642X-RAY DIFFRACTION98
2.2329-2.26780.3481350.32462668X-RAY DIFFRACTION96
2.2678-2.3050.37731240.30012649X-RAY DIFFRACTION97
2.305-2.34470.27821820.27152655X-RAY DIFFRACTION97
2.3447-2.38730.29741340.24942629X-RAY DIFFRACTION97
2.3873-2.43320.31581430.24442667X-RAY DIFFRACTION97
2.4332-2.48290.30451660.24532637X-RAY DIFFRACTION97
2.4829-2.53690.28571250.24142647X-RAY DIFFRACTION97
2.5369-2.59590.23931140.2212666X-RAY DIFFRACTION97
2.5959-2.66070.30281480.21012662X-RAY DIFFRACTION96
2.6607-2.73270.26691210.19972668X-RAY DIFFRACTION96
2.7327-2.8130.28371470.20452623X-RAY DIFFRACTION96
2.813-2.90380.24211270.20012629X-RAY DIFFRACTION96
2.9038-3.00750.26351180.18752679X-RAY DIFFRACTION96
3.0075-3.12790.26151690.17272555X-RAY DIFFRACTION96
3.1279-3.27010.2061210.15222661X-RAY DIFFRACTION96
3.2701-3.44240.20241430.15512616X-RAY DIFFRACTION96
3.4424-3.65780.21361650.1582612X-RAY DIFFRACTION96
3.6578-3.93990.18721430.13992583X-RAY DIFFRACTION96
3.9399-4.33570.14891390.12142630X-RAY DIFFRACTION95
4.3357-4.96150.1251540.11022587X-RAY DIFFRACTION95
4.9615-6.24480.21481420.12732573X-RAY DIFFRACTION94
6.2448-34.46430.16871100.16892215X-RAY DIFFRACTION81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15680.05720.09280.22080.25070.29380.0408-0.0997-0.02040.14780.0817-0.1030.15650.0846-0.06020.31480.0352-0.03690.2607-0.02490.278424.0506-6.24165.4535
20.13740.07430.07420.19620.15750.3805-0.0346-0.0523-0.06120.01660.0465-0.10090.1565-0.0330.00060.31050.02310.01350.2571-0.0050.34518.7747-4.41026.4634
30.5290.0293-0.11430.0718-0.17440.4418-0.0867-0.1718-0.18480.05430.1106-0.15160.29410.0292-0.00010.38080.0595-0.05310.19390.00520.350522.7842-23.3633-7.4051
40.0267-0.024-0.03020.0784-0.050.1498-0.0244-0.00510.0445-0.03840.04040.1074-0.0182-0.0633-0.00860.3157-0.01440.01450.3078-0.01710.364516.54816.1971-0.5776
50.3387-0.0176-0.0520.494-0.56130.65220.0357-0.0763-0.01550.0609-0.0048-0.4815-0.05140.021-0.0380.8740.1838-0.08340.3913-0.18130.742734.5115-32.32144.5985
60.8062-0.3077-0.3220.11770.12320.1284-0.0992-0.0475-0.14560.0786-0.00620.0860.0918-0.01370.05940.42670.23060.08760.2695-0.08810.559335.1173-9.591410.2881
70.4628-0.13350.56970.22260.18441.36030.229-0.249-0.03360.0411-0.1398-0.5256-0.12010.3736-0.08170.2809-0.1140.03380.63220.05690.740739.778310.18088.0426
80.7503-0.5372-0.19181.08770.50910.31190.07860.00940.14040.0286-0.0241-0.18750.15190.0208-0.04250.73310.3519-0.12570.4083-0.19250.705134.4099-29.37915.1172
91.6439-0.2929-0.86230.18720.19070.4617-0.1669-0.36960.07940.00780.1937-0.15040.04970.42-0.0630.27020.00820.06650.7415-0.02910.497840.86295.863512.73
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:116)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 117:175)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 176:274)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 275:342)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain D and resid 1:9)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain D and resid 10:13)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain D and resid 14:18)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain E)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain F)

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万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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