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- PDB-3q8f: Crystal structure of 2-Fluorohistine labeled Protective Antigen (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q8f
タイトルCrystal structure of 2-Fluorohistine labeled Protective Antigen (pH 5.8)
要素Protective antigen
キーワードPROTEIN BINDING / Protective Antigen / 2-Fluorohistidine / Anthrax / pH stability
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host MAPK cascade / : / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / metal ion binding ...symbiont-mediated suppression of host MAPK cascade / : / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Toxin - Anthrax Protective Antigen; domain 1 / Toxin - Anthrax Protective Antigen;domain 1 / Immunoglobulin-like - #810 / Ubiquitin-like (UB roll) - #110 / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. ...Toxin - Anthrax Protective Antigen; domain 1 / Toxin - Anthrax Protective Antigen;domain 1 / Immunoglobulin-like - #810 / Ubiquitin-like (UB roll) - #110 / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Jelly Rolls / Roll / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Direct Replacement / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Rajapaksha, M. / Janowiak, B.E. / Andra, K.K. / Bann, J.G.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: pH effects on binding between the anthrax protective antigen and the host cellular receptor CMG2.
著者: Rajapaksha, M. / Lovell, S. / Janowiak, B.E. / Andra, K.K. / Battaile, K.P. / Bann, J.G.
履歴
登録2011年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protective antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4175
ポリマ－82,9491
非ポリマー4694
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.292, 93.657, 115.565
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protective antigen / PA / Anthrax toxins translocating protein / PA-83 / PA83 / Protective antigen PA-20 / PA20 / ...PA / Anthrax toxins translocating protein / PA-83 / PA83 / Protective antigen PA-20 / PA20 / Protective antigen PA-63 / PA63


分子量: 82948.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: pagA, pag, pXO1-110, BXA0164, GBAA_pXO1_0164 / プラスミド: pQE80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UTH780 / 参照: UniProt: P13423
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 30% PEG 400, 100mM MES, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.38 Å / Num. all: 46290 / Num. obs: 46290 / % possible obs: 98.41 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.43 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.2927
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.1-2.217.520.752.9649947664198.1
2.21-2.357.480.564.2747195631198.29
2.35-2.517.520.336.2644791595898.59
2.51-2.717.50.219.4141871558398.75
2.71-2.977.50.1114.2538588514598.88
2.97-3.327.460.0623.5335054469799.12
3.32-3.837.430.0441.1930814415099.2
3.83-4.77.350.0354.8626228356799.34
4.7-6.647.230.0259.9420317280999.53
6.64-45.386.450.0258.849213142987.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALACCP4_3.3.16データスケーリング
PHENIXdev_601精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: Direct Replacement
開始モデル: PDB entry 3MHZ

3mhz


解像度: 2.1→43.401 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2674 2341 5.07 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.2243 46210 98.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.365 Å2 / ksol: 0.413 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.61 Å2 / Biso mean: 52.9572 Å2 / Biso min: 25.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9936 Å2-0 Å20 Å2
2---10.1634 Å2-0 Å2
3---15.157 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.401 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5052 0 28 124 5204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2777032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6261893
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.14290.33821420.2862525266798
2.1429-2.18950.30711350.28552539267498
2.1895-2.24040.3591280.27462552268098
2.2404-2.29640.33851220.2812564268698
2.2964-2.35850.25521700.25592515268598
2.3585-2.42790.30931300.24372566269698
2.4279-2.50630.31361290.25142545267498
2.5063-2.59580.2991500.24242571272198
2.5958-2.69970.30741490.25252565271499
2.6997-2.82260.34861330.24112603273699
2.8226-2.97140.34171290.24352580270999
2.9714-3.15750.2981320.23392598273099
3.1575-3.40120.26111340.22512627276199
3.4012-3.74330.24471310.21442619275099
3.7433-4.28450.23081280.19152658278699
4.2845-5.39640.20531500.1782658280899
5.3964-43.410.27341490.22872584273392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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