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- PDB-3q7u: Structure of Mtb 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q7u
タイトルStructure of Mtb 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase (IspD) complexed with CTP
要素2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Rossmann fold / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / CTP binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / : / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Thurman, C. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase (IspD): a candidate antitubercular drug target
著者: Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Thurman, C. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2011年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1426
ポリマ－48,1272
非ポリマー1,0154
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.214, 76.756, 131.538
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase / MEP cytidylyltransferase / MCT


分子量: 24063.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: ispD, Rv3582c, MT3688, MTCY06G11.29c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P96864, UniProt: P9WKG9*PLUS, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.4M NaH2PO4, 1.6M K2HPO4, 0.1M imidazole, 0.2M NaCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.43 Å / Num. all: 33407 / Num. obs: 33407 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.03 % / Biso Wilson estimate: 36.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 8.7 / Scaling rejects: 2026
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym valueΧ2% possible all
2.1-2.188.010.422.72656032752.71.34100
2.18-2.268.030.363.32667632893.31.28100
2.26-2.378.050.3043.82669932883.81.17100
2.37-2.498.070.2784.22699833214.21.1100
2.49-2.658.060.2195.32687033105.30.99100
2.65-2.858.090.1617.42697633047.40.8999.9
2.85-3.148.10.1139.72708833259.70.73100
3.14-3.598.110.09311.627333335211.60.69100
3.59-4.528.060.06516.627529339616.60.63100
4.52-42.437.690.05321.427403354721.40.67100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I52

1i52


解像度: 2.1→38.378 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.8178 / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 1724 5.16 %random
Rwork0.1882 ---
all0.1906 33397 --
obs0.1906 33397 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.384 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 111.98 Å2 / Biso mean: 40.1447 Å2 / Biso min: 15.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0792 Å20 Å20 Å2
2--0.2596 Å20 Å2
3----0.3388 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3259 0 60 396 3715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1454638
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.281266
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
2.1-2.16180.33571480.2856257827262970
2.1618-2.23160.3171280.2616261527432843
2.2316-2.31130.27971540.2354259927532805
2.3113-2.40390.25751400.2339260727472784
2.4039-2.51330.31251230.2218261327362772
2.5133-2.64570.26371460.2221262727732745
2.6457-2.81150.2541330.2093261227452773
2.8115-3.02840.27791570.2048261527722736
3.0284-3.33310.23991650.1961261927842747
3.3331-3.8150.23481370.1797266828052753
3.815-4.8050.17771520.1357269128432743
4.805-38.38440.20231410.1722282929702726
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3976-0.3191-0.44220.56780.39850.5909-0.03430.0207-0.0108-0.1033-0.0417-0.11830.2928-0.02250.03280.2726-0.0084-0.06710.16360.0190.256918.6363-6.23549.049
21.09150.5910.07711.4403-0.9572.0447-0.01330.137-0.0493-0.1710.0007-0.05530.08520.00840.00910.19530.0304-0.03290.1045-0.00730.168320.83961.80521.9501
30.04990.04880.2882-0.03660.15470.78050.0695-0.00980.1675-0.0816-0.14420.0902-0.2391-0.07860.06770.2358-0.05260.00650.1974-0.02570.265922.038813.32924.8444
42.24460.5177-0.79021.59710.58980.8990.1051-0.3855-0.1339-0.15120.008-0.3055-0.34440.2784-0.07770.2122-0.05650.00860.25820.06890.284631.078113.61595.6209
50.73090.1027-0.31270.43810.12571.3880.1172-0.19650.04980.32-0.24370.07370.05860.04390.08620.2311-0.0005-0.01130.20580.03070.223214.01191.590817.7667
61.38050.3293-0.1611.41961.12052.97070.0472-0.15140.18360.0137-0.03610.09820.0185-0.4561-0.02780.1736-0.0565-0.00640.35420.05340.22888.83995.109246.5441
70.9419-0.1393-0.96591.6126-0.1791.8980.0204-0.1453-0.117-0.14170.1372-0.54310.04570.9893-0.05520.1919-0.012-0.02080.2803-0.01550.243527.77285.290741.5512
80.08030.0526-0.23680.46710.48241.42980.0081-0.17680.0888-0.11390.11440.0937-0.38010.3026-0.12290.2675-0.09250.00490.2078-0.00290.265223.087113.850726.4863
92.08040.04060.13780.53940.17180.4613-0.0834-0.01341.0849-0.3064-0.02750.3917-0.7135-0.47330.09910.320.0065-0.03970.3563-0.04450.421218.717721.002244.6797
100.06880.10770.23150.7058-0.10611.2911-0.0573-0.15670.0953-0.11680.0313-0.02340.1725-0.1689-0.0010.1846-0.07420.00150.1866-0.03120.202614.46630.633133.1718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:47)A6 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 48:131)A48 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 132:168)A132 - 168
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 169:201)A169 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 202:231)A202 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 6:122)B6 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 123:139)B123 - 139
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 140:170)B140 - 170
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 171:200)B171 - 200
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 201:231)B201 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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