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- PDB-3okr: Structure of Mtb apo 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylt... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3okr | ||||||
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Title | Structure of Mtb apo 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase (IspD) | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Tryptophan synthesis / IspD / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase / Mycobacterium tuberculosis / Mtb / TB | ||||||
Function / homology | ![]() 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / CTP binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sacchettini, J.C. / Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Thurman, C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase (IspD): an antitubercular drug target Authors: Sacchettini, J.C. / Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Thurman, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 249.5 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 461.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 488.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1h3mS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 24095.439 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P96864, UniProt: P9WKG9*PLUS, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase #2: Protein/peptide | | Mass: 613.749 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | THE AUTHOR STATES THAT CHAIN F IS PART OF THE PROTEIN POLYMER AND IT IS FOUND BETWEEN THE STRUCTURE ...THE AUTHOR STATES THAT CHAIN F IS PART OF THE PROTEIN POLYMER AND IT IS FOUND BETWEEN THE STRUCTURE AND THE SYMMETRY MATE. AS THE DENSITY CONNECTING | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.2 Details: 0.056 M Sodium phosphate monobasic monohydrate 1.344 M Potassium phosphate dibasic (pH 8.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2009 Details: Si(111) Double Crystal Monochrometer. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry |
Radiation | Monochromator: Double crystal cryo-cooled Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97948 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→41 Å / Num. obs: 33622 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 57.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 3.25 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.348 / % possible all: 94.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1H3M Resolution: 2.4→25.055 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.97 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.673 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→25.055 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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