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- PDB-3q4u: Crystal structure of the ACVR1 kinase domain in complex with LDN-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q4u
タイトルCrystal structure of the ACVR1 kinase domain in complex with LDN-193189
要素Activin receptor type-1
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics Consortium / SGC / Protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / cardiac muscle cell fate commitment / atrial septum primum morphogenesis / BMP receptor activity / endocardial cushion fusion / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / acute inflammatory response / positive regulation of determination of dorsal identity ...endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / cardiac muscle cell fate commitment / atrial septum primum morphogenesis / BMP receptor activity / endocardial cushion fusion / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / acute inflammatory response / positive regulation of determination of dorsal identity / smooth muscle cell differentiation / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor complex / activin receptor activity, type I / endocardial cushion formation / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / pharyngeal system development / activin binding / cellular response to BMP stimulus / negative regulation of activin receptor signaling pathway / activin receptor signaling pathway / embryonic heart tube morphogenesis / gastrulation with mouth forming second / dorsal/ventral pattern formation / transforming growth factor beta binding / determination of left/right symmetry / neural crest cell migration / atrioventricular valve morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / SMAD binding / germ cell development / peptide hormone binding / positive regulation of intracellular signal transduction / mesoderm formation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of ossification / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of signal transduction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to growth factor stimulus / osteoblast differentiation / apical part of cell / heart development / in utero embryonic development / cell differentiation / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / cadherin binding / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Chem-LDN / Activin receptor type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Sanvitale, C. / Cooper, C.D.O. / Mahajan, P. / Daga, N. / Petrie, K. / Alfano, I. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Allerston, C.K. ...Chaikuad, A. / Sanvitale, C. / Cooper, C.D.O. / Mahajan, P. / Daga, N. / Petrie, K. / Alfano, I. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Allerston, C.K. / Krojer, T. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: A new class of small molecule inhibitor of BMP signaling.
著者: Sanvitale, C.E. / Kerr, G. / Chaikuad, A. / Ramel, M.C. / Mohedas, A.H. / Reichert, S. / Wang, Y. / Triffitt, J.T. / Cuny, G.D. / Yu, P.B. / Hill, C.S. / Bullock, A.N.
履歴
登録2010年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年6月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activin receptor type-1
B: Activin receptor type-1
C: Activin receptor type-1
D: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,91534
ポリマ－138,1514
非ポリマー4,76430
水18,3571019
1
A: Activin receptor type-1
B: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,45717
ポリマ－69,0752
非ポリマー2,38215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area27080 Å2
2
C: Activin receptor type-1
ヘテロ分子

D: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,45717
ポリマ－69,0752
非ポリマー2,38215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area1730 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area14300 Å2
3
D: Activin receptor type-1
ヘテロ分子

C: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,45717
ポリマ－69,0752
非ポリマー2,38215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1710 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area14630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.600, 98.700, 83.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Activin receptor type-1 / Activin receptor type I / ACTR-I / Activin receptor-like kinase 2 / ALK-2 / Serine/threonine- ...Activin receptor type I / ACTR-I / Activin receptor-like kinase 2 / ALK-2 / Serine/threonine-protein kinase receptor R1 / SKR1 / TGF-B superfamily receptor type I / TSR-I


分子量: 34537.633 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain, UNP residues 201-499 / 変異: Q207D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVR1, ACVRLK2 / プラスミド: pFB-LIC-Bse / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q04771, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物
ChemComp-LDN / 4-[6-(4-piperazin-1-ylphenyl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]quinoline / LDN-193189


分子量: 406.482 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22N6
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1019 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium citrate dibasic pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC Q315 3x3 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日 / 詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→41.88 Å / Num. all: 107198 / Num. obs: 107172 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 15312 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb id: 3h9r chain A

3h9r


解像度: 1.82→37.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.525 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IN REFINEMENT BUT NOT OUTPUT TO PDB
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21863 5385 5 %RANDOM
Rwork0.16277 ---
obs0.16557 101787 99.11 %-
all-107172 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.583 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20.36 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3---0.63 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→37.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9541 0 336 1019 10896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02210369
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.97814124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8673.00217040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15651279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.47423.595459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.746151782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0191574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.53336106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1232472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.25759995
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.61384263
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.197114085
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 415 -
Rwork0.33 7177 -
obs--96.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3463-0.2782-0.09350.67660.21990.28410.08290.0177-0.00560.0176-0.04780.02890.00410.0326-0.03510.06380.02670.01060.0723-0.010.106920.5882-10.7836.5375
20.6389-0.03140.15680.77170.14050.18190.0647-0.0267-0.0073-0.0009-0.0611-0.0184-0.0004-0.0021-0.00360.05030.00780.00110.0823-0.01180.100539.9408-24.225810.4716
30.25070.07760.43141.56820.51551.0183-0.04870.021-0.0518-0.10210.02130.0217-0.0380.04330.02730.10460.00910.01470.0668-0.00710.091617.27029.30510.5006
40.7091-0.37030.48121.5207-0.14550.33910.05350.0694-0.01580.0584-0.0556-0.0150.0390.05190.00210.09310.0334-0.02680.093-0.01010.057523.124418.322924.0442
50.3998-0.8043-0.10813.0865-0.04250.3762-0.01090.06980.27350.2482-0.1821-0.8344-0.06760.0550.1930.04110.0012-0.08910.08770.08530.379834.574929.030424.9779
60.73680.34440.07040.32690.57721.81650.0335-0.08760.00770.0202-0.0189-0.0041-0.02020.0348-0.01460.07350.0286-0.00750.0887-0.00010.0685-3.6816-0.446931.6336
70.49160.0933-0.08110.1975-0.07410.32510.00960.0443-0.02420.0005-0.0231-0.00480.0013-0.06090.01350.06640.01490.01020.0958-0.00860.0883-12.9851-6.420810.2965
81.05270.08160.05140.3217-0.12490.7450.00730.05-0.0271-0.0256-0.0498-0.10860.06530.02720.04250.0712-0.01720.00230.0865-0.02270.089324.81894.9278-25.0957
90.3835-0.1391-0.00960.16020.03850.37090.01230.0367-0.0055-0.00090.0367-0.003-0.00510.0069-0.04910.1007-0.00180.00330.0732-0.00630.06970.9519.5304-23.7041
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A202 - 286
2X-RAY DIFFRACTION2A287 - 499
3X-RAY DIFFRACTION3B199 - 283
4X-RAY DIFFRACTION4B284 - 375
5X-RAY DIFFRACTION5B376 - 498
6X-RAY DIFFRACTION6C204 - 286
7X-RAY DIFFRACTION7C287 - 499
8X-RAY DIFFRACTION8D201 - 286
9X-RAY DIFFRACTION9D287 - 499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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