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- PDB-3q3y: Complex structure of HEVB EV93 main protease 3C with Compound 1 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q3y
タイトルComplex structure of HEVB EV93 main protease 3C with Compound 1 (AG7404)
要素HEVB EV93 3C protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / cysteine trypsin-like protease / 3C cysteine protease (picornain 3C) / antiviral Compound 1 (AG7404) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / HYDROGENPHOSPHATE ION / Chem-XNV / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus B (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Costenaro, L. / Kaczmarska, Z. / Arnan, C. / Sola, M. / Coutard, B. / Norder, H. / Canard, B. / Coll, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Antiviral Inhibition of the Main Protease, 3C, from Human Enterovirus 93.
著者: Costenaro, L. / Kaczmarska, Z. / Arnan, C. / Janowski, R. / Coutard, B. / Sola, M. / Gorbalenya, A.E. / Norder, H. / Canard, B. / Coll, M.
履歴
登録2010年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEVB EV93 3C protease
B: HEVB EV93 3C protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,66317
ポリマ－42,7912
非ポリマー1,87215
水9,782543
1
A: HEVB EV93 3C protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,39710
ポリマ－21,3961
非ポリマー1,0029
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HEVB EV93 3C protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2657
ポリマ－21,3961
非ポリマー8706
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.040, 64.450, 68.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HEVB EV93 3C protease


分子量: 21395.512 Da / 分子数: 2 / 変異: M139V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human enterovirus B (エンテロウイルス)
遺伝子: 3C / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5DSM6, picornain 3C

-
非ポリマー , 5種, 558分子

#2: 化合物 ChemComp-XNV / ethyl (4R)-4-({(2S)-2-[3-{[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)carbonyl]amino}-2-oxopyridin-1(2H)-yl]pent-4-ynoyl}amino)-5-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]pentanoate / AG7404, bound form


分子量: 525.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H31N5O7
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PI / HYDROGENPHOSPHATE ION / ジオキシラトホスフィン酸


分子量: 95.979 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO4P
#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THIS MAY BE A NATURAL VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 1.8 M (NH4)2HPO4, 0.1 M Tris, cryo + 13.4% ethylene glycol, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: horizontally side diffracting Silicon 111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→39.036 Å / Num. all: 79978 / Num. obs: 79978 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 1.32→1.3672 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 79978 / Rsym value: 0.085 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 41.3 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å34.37 Å
Translation2.5 Å34.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q3X

3q3x


解像度: 1.32→39.036 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: anisotropic (no H, No water) / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: hydrogens added in the riding positions, occupancies refined
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1701 4013 5.02 %random
Rwork0.1252 ---
obs0.1275 79928 99.95 %-
all-79928 --
溶媒の処理減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.768 Å2 / ksol: 0.457 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.01 Å2 / Biso mean: 17.8614 Å2 / Biso min: 3.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2663 Å2-0 Å20.9489 Å2
2---0.8874 Å20 Å2
3----0.3789 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→39.036 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 0 125 543 3484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6014942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1041515
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.32-1.36720.25073960.206975777973
1.3672-1.42190.25674050.184975707975
1.4219-1.48660.21133870.143375257912
1.4866-1.5650.19393750.124976398014
1.565-1.66310.16644020.112775477949
1.6631-1.79150.15853750.109175887963
1.7915-1.97180.16513960.114276208016
1.9718-2.25710.15084460.110275327978
2.2571-2.84350.1633850.117676528037
2.8435-39.05320.15324460.12476658111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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