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万見
- PDB-1h4h: Oligosaccharide-binding to family 11 xylanases: both covalent int... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h4h
タイトルOligosaccharide-binding to family 11 xylanases: both covalent intermediate and mutant-product complexes display 2,5B conformations at the active-centre
要素XYLANASE
キーワードGLYCOSIDE HYDROLASE / XYLANASE / OLIGOSACCHARIDE / TRANSITION-STATE / INTERMEDIATE / MUTANT / BOAT CONFORMATION
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS AGARADHAERENS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sabini, E. / Wilson, K.S. / Danielsen, S. / Schulein, M. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1999
タイトル: Catalysis and Specificity in Enzymatic Glycoside Hydrolysis: A 2,5B Conformation for the Glycosyl-Enzyme Intermediate Revealed by the Structure of the Bacillus Agaradhaerens Family 11 Xylanase.
著者: Sabini, E. / Sulzenbacher, G. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Jorgensen, P.L. / Schulein, M. / Dupont, C. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.
履歴
登録2001年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年3月11日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLANASE
B: XYLANASE
C: XYLANASE
D: XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9058
ポリマ－93,2474
非ポリマー1,6574
水8,809489
1
A: XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7262
ポリマ－23,3121
非ポリマー4141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7262
ポリマ－23,3121
非ポリマー4141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7262
ポリマ－23,3121
非ポリマー4141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7262
ポリマ－23,3121
非ポリマー4141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.344, 78.895, 76.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
XYLANASE


分子量: 23311.773 Da / 分子数: 4 / 断片: FAMILY 11 XYLANASE CATALYTIC DOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: XYLOTRIOSE IN THE ACTIVE SITE
由来: (組換発現) BACILLUS AGARADHAERENS (バクテリア)
発現宿主: BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7SIE2*PLUS, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖
beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a212h-1a_1-5][a212h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A, B, C, D ENGINEERED MUTATION GLU94ALA
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 6.5
詳細: DROP: 1UL PROTEIN (27 MG ML-1) PLUS 1UL RESERVOIR RESERVOIR: 100 MM MES PH 6.5, 0.8M K2HPO4.3H20/NAH2PO4, 10% MPD
結晶化
*PLUS
温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.8 M1reservoirK2HPO4-3H2O/NaH2PO4
210 %(v/v)MPD1reservoir
3100 mMMES1reservoirpH6.5
427 mg/mlprotein1dropin H2O

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.8469
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8469 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 53623 / % possible obs: 77.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 23.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 77.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QH6

1qh6


解像度: 1.9→20 Å / SU B: 4.86098 / SU ML: 0.13461 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.19035
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 -5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs-174031 77.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6543 0 112 489 7144
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.043
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.22 / Rfactor obs: 0.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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