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- PDB-3prh: tryptophanyl-tRNA synthetase Val144Pro mutant from B. subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3prh
タイトルtryptophanyl-tRNA synthetase Val144Pro mutant from B. subtilis
要素Tryptophanyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / TrpRS / protein biosynthesis / translation / class I tRNA synthetase / Rossmann fold / HIGH motif / KMSKS motif / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan-tRNA ligase / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / : / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs ...Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / : / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tryptophan--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Antonczak, A.K. / Simova, Z. / Yonemoto, I. / Bochtler, M. / Piasecka, A. / Czapinska, H. / Brancale, A. / Tippmann, E.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Importance of single molecular determinants in the fidelity of expanded genetic codes.
著者: Antonczak, A.K. / Simova, Z. / Yonemoto, I.T. / Bochtler, M. / Piasecka, A. / Czapinska, H. / Brancale, A. / Tippmann, E.M.
履歴
登録2010年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophanyl-tRNA synthetase
B: Tryptophanyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7872
ポリマ－87,7872
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.258, 119.816, 127.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A0 - 328
2114B0 - 328

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要素

#1: タンパク質 Tryptophanyl-tRNA synthetase / Tryptophan-tRNA ligase / TrpRS


分子量: 43893.391 Da / 分子数: 2 / 変異: V144P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168
遺伝子: 939361, BSU11420, synthetic gene codon optimized for Escherichia coli, trpS
プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21656, tryptophan-tRNA ligase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05 M MgCl2, 0.05 M HEPES/NaOH pH 7, 25% PEG550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9805 / 波長: 0.9805 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月24日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE BOUNCE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9805 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 19307 / Num. obs: 19307 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 71.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2763 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FIO

3fio
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.8→29.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 16.475 / SU ML: 0.329 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27504 913 4.7 %RANDOM
Rwork0.2352 ---
all0.23714 19260 --
obs0.23714 19260 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.543 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.04 Å20 Å20 Å2
2--3.73 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4934 0 0 0 4934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225042
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9916806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86438543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9895624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.94825.439228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.82915953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9441524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21157
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.23455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.22433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22669
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.298
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1420.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1550.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3190.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.031.54070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1081.51264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11825036
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32432218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.034.51770
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4123 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.570.5
medium thermal0.362
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 83 -
Rwork0.324 1320 -
obs-1403 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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