PDB-3pnz: Crystal structure of the lactonase Lmo2620 from Listeria monocytogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pnz

タイトル

Crystal structure of the lactonase Lmo2620 from Listeria monocytogenes

要素

Phosphotriesterase family protein

キーワード

HYDROLASE / amidohydrolase fold / hydrolysis of phosphorylated sugar lactones / phosphorylated sugar lactones

機能・相同性

Metal-dependent hydrolases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes serotype 4b str. H7858 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5983 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Xiang, D.F. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the lactonase Lmo2620 from Listeria monocytogenes
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Xiang, D.F. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pnz.cif.gz	428.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pnz.ent.gz	361.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pnz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3pnz_validation.pdf.gz	499.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pnz_full_validation.pdf.gz	511.3 KB	表示
XML形式データ	3pnz_validation.xml.gz	84.2 KB	表示
CIF形式データ	3pnz_validation.cif.gz	117.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pnz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pnz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2x5x-d 3i46-2 2vvp-3 4bym-1 3i48-1 1vif-1 1evq-d 1wma-d 5cw2-1 4wlz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

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登録構造単位

A: Phosphotriesterase family protein

B: Phosphotriesterase family protein

C: Phosphotriesterase family protein

D: Phosphotriesterase family protein

E: Phosphotriesterase family protein

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ヘテロ分子

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1

A: Phosphotriesterase family protein

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2

B: Phosphotriesterase family protein

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C: Phosphotriesterase family protein

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E: Phosphotriesterase family protein

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F: Phosphotriesterase family protein

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7

A: Phosphotriesterase family protein

C: Phosphotriesterase family protein

F: Phosphotriesterase family protein

ヘテロ分子

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8

B: Phosphotriesterase family protein

D: Phosphotriesterase family protein

E: Phosphotriesterase family protein

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	152.723, 62.933, 152.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphotriesterase family protein 分子量: 37495.281 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 4b str. H7858 (バクテリア) 遺伝子: LMOh7858_2908 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4EFN5
#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	... ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.4M sodium phosphate, 1.6M potassium phosphate, 0.1M imidazole, 0.2M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月3日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.598→39.583 Å / Num. all: 360927 / Num. obs: 360927 / % possible obs: 94.05 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5983→39.583 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1976	18173	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1777	-	-	-
all	0.1787	360927	-	-
obs	0.1787	360927	94.05 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.209 Å² / k_sol: 0.411 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.756 Å²	0 Å²	1.8359 Å²
2-	-	4.4133 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.6573 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5983→39.583 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15800	0	243	1493	17536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	16426
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	22209
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.405	5925
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	2347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2849

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5983-1.6165	0.3124	347	0.3074	6297	X-RAY DIFFRACTION	52
1.6165-1.6355	0.3136	416	0.3033	7614	X-RAY DIFFRACTION	63
1.6355-1.6554	0.2937	441	0.2974	8227	X-RAY DIFFRACTION	68
1.6554-1.6764	0.3074	473	0.2783	9257	X-RAY DIFFRACTION	77
1.6764-1.6984	0.282	511	0.2702	9949	X-RAY DIFFRACTION	82
1.6984-1.7217	0.2834	556	0.2566	10897	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7217-1.7463	0.2642	567	0.2436	11478	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7463-1.7724	0.2487	604	0.2197	11946	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7724-1.8001	0.2533	650	0.2098	12053	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8001-1.8296	0.2324	689	0.2002	11869	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8296-1.8611	0.2183	603	0.195	12022	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8611-1.895	0.2236	624	0.1891	12116	X-RAY DIFFRACTION	100
1.895-1.9314	0.2157	627	0.184	11992	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9314-1.9708	0.2039	631	0.1776	12144	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9708-2.0137	0.2199	644	0.1682	12053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0137-2.0605	0.1899	654	0.1686	12140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.1121	0.1878	668	0.1664	12059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1121-2.1692	0.1793	641	0.1588	12149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1692-2.233	0.1917	684	0.1605	12078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.233-2.3051	0.1929	663	0.1633	12005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3051-2.3874	0.1843	613	0.1648	12180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3874-2.483	0.1976	656	0.1713	12103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.483-2.596	0.185	658	0.1646	12158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.596-2.7328	0.2009	629	0.1753	12244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7328-2.904	0.1945	676	0.1755	12072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.904-3.1281	0.1963	664	0.1785	12253	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1281-3.4428	0.1716	614	0.1637	12196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4428-3.9405	0.1604	627	0.1503	12325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9405-4.9631	0.1606	645	0.1398	12305	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9631-39.5948	0.1843	698	0.183	12573	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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