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Yorodumi- PDB-5cw2: Crystal structure of Epoxide Hydrolase A from Mycobacterium therm... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cw2 | ||||||
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Title | Crystal structure of Epoxide Hydrolase A from Mycobacterium thermoresistibile | ||||||
Components | Putative epoxide hydrolase EPHA | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Epoxide hydrolase / 1 / 3-diphenylurea Mycobacterium alpha/beta | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Schulz, E.C. / Wilmanns, M. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of mycobacterial Epoxide Hydrolase A Authors: Schulz, E.C. / Wilmanns, M. / Henderson, S. / Southall, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cw2.cif.gz | 673.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cw2.ent.gz | 566.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cw2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cw2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35578.023 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (bacteria) Gene: KEK_07967 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta II / References: UniProt: G7CF24, epoxide hydrolase #2: Chemical | ChemComp-BSU / #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1M BisTris pH 7.5, 2.15 M (NH4)2SO4, 4.5% (v/v) PEG 400, 1-3% (v/v) 2,3-butanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: MASSIF automated DC |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.9752 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 19, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9752 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→47.82 Å / Num. obs: 93380 / % possible obs: 99.47 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1145 / Net I/σ(I): 7.68 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.071 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5224 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / % possible all: 99.66 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→47.819 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 38.23 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→47.819 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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