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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pm3 | ||||||
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タイトル | Bovine trypsin variant X(tripleIle227) in complex with small molecule inhibitor | ||||||
![]() | Cationic trypsin | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Trypsin-like serine protease / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tziridis, A. / Neumann, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Correlating structure and ligand affinity in drug discovery: a cautionary tale involving second shell residues. 著者: Tziridis, A. / Rauh, D. / Neumann, P. / Kolenko, P. / Menzel, A. / Brauer, U. / Ursel, C. / Steinmetzer, P. / Sturzebecher, J. / Schweinitz, A. / Steinmetzer, T. / Stubbs, M.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3plbC ![]() 3plkC ![]() 3plpC ![]() 3pmjC ![]() 3pwbC ![]() 3pwcC ![]() 3pyhC ![]() 3q00C ![]() 3unqC ![]() 3unsC ![]() 3uopC ![]() 3upeC ![]() 3uqoC ![]() 3uqvC ![]() 3uuzC ![]() 3uwiC ![]() 3uy9C ![]() 3v12C ![]() 3v13C ![]() 1v2kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23376.363 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-246 変異: N102E, L104Y, Y175S, P176S, G177F, Q178Y, S195A, V228I 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 378分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/TFN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TFN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-TFN / | ||||
#4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.97 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.52→50 Å / Num. all: 29835 / Num. obs: 29835 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 5.6 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1V2K 解像度: 1.53→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.447 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.53→1.568 Å / Total num. of bins used: 20
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