[日本語] English
万見
- PDB-3pl6: Structure of Autoimmune TCR Hy.1B11 in complex with HLA-DQ1 and M... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pl6
タイトルStructure of Autoimmune TCR Hy.1B11 in complex with HLA-DQ1 and MBP 85-99
要素
  • (MHC class II HLA-DQ- ...) x 2
  • MBP peptide / T-cell receptor beta chain chimera
  • T-cell receptor alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR-MHC complex / Immunoglobulin fold / Immune receptor / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II antigen / HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain / : / MHC class II HLA-DQ-alpha chain / MHC class II antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Sethi, D.K. / Wucherpfennig, K.W.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2011
タイトル: A highly tilted binding mode by a self-reactive T cell receptor results in altered engagement of peptide and MHC.
著者: Sethi, D.K. / Schubert, D.A. / Anders, A.K. / Heroux, A. / Bonsor, D.A. / Thomas, C.P. / Sundberg, E.J. / Pyrdol, J. / Wucherpfennig, K.W.
履歴
登録2010年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: MHC class II HLA-DQ-beta chain
C: T-cell receptor alpha chain
D: MBP peptide / T-cell receptor beta chain chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3566
ポリマ－97,9144
非ポリマー4422
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13500 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area37150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.123, 124.815, 134.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
MHC class II HLA-DQ- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain


分子量: 21960.480 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 細胞株 (発現宿主): Chinese hamster ovary (CHO)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q30066, UniProt: A0A173ADG5*PLUS
#2: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta chain


分子量: 23447.137 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / 細胞株 (発現宿主): Chinese hamster ovary (CHO)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q67AJ6, UniProt: A0A0A8WFP6*PLUS

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 T-cell receptor alpha chain


分子量: 22949.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 MBP peptide / T-cell receptor beta chain chimera


分子量: 29556.824 Da / 分子数: 1 / 断片: MBP (UNP residues 84-98) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3YTB3

-
糖 / 非ポリマー , 2種, 95分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 84-98 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細CHAIN D IS CHIMERIC: MBP PEPTIDE IS CONNECTED TO THE N-TERMINUS OF T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN VIA ...CHAIN D IS CHIMERIC: MBP PEPTIDE IS CONNECTED TO THE N-TERMINUS OF T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN VIA AN ENGINEERED LINKER

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 12% PEG8000, 0.05 M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月1日
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 40993 / Num. obs: 40822 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→42 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2577 2045 5 %random
Rwork0.232 38776 --
obs-40821 99.6 %-
溶媒の処理Bsol: 37.0662 Å2
原子変位パラメータBiso max: 114.7 Å2 / Biso mean: 57.7182 Å2 / Biso min: 29.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.784 Å20 Å20 Å2
2--19.712 Å20 Å2
3----22.496 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6405 0 28 93 6526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.503
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9582
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9982.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.55-2.640.39031800.35623771395198.1
2.64-2.750.3731970.3293829402699.9
2.75-2.870.37012190.313438254044100
2.87-3.020.34472170.29033821403899.9
3.02-3.210.30371880.27623902409099.9
3.21-3.460.2752390.24413817405699.9
3.46-3.810.28982040.24133878408299.9
3.81-4.360.24052020.20753912411499.9
4.36-5.490.18891980.17773952415099.8
5.49-420.20982010.21294069427098.6

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る