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万見
- PDB-3pgs: Phe3Gly mutant of EcFadL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pgs
タイトルPhe3Gly mutant of EcFadL
要素Long-chain fatty acid transport protein
キーワードLIPID TRANSPORT / beta barrel outer membrane / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid transporting porin activity / ligand-gated channel activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Long-chain fatty acid transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者van den Berg, B. / Lepore, B.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: From the Cover: Ligand-gated diffusion across the bacterial outer membrane.
著者: Lepore, B.W. / Indic, M. / Pham, H. / Hearn, E.M. / Patel, D.R. / van den Berg, B.
履歴
登録2010年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Long-chain fatty acid transport protein
B: Long-chain fatty acid transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,97528
ポリマ－93,3542
非ポリマー6,62126
水13,998777
1
A: Long-chain fatty acid transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,83318
ポリマ－46,6771
非ポリマー4,15617
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Long-chain fatty acid transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,14110
ポリマ－46,6771
非ポリマー2,4659
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.068, 147.513, 151.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Long-chain fatty acid transport protein / Outer membrane fadL protein / Outer membrane flp protein


分子量: 46676.871 Da / 分子数: 2 / 断片: Mature form (UNP Residues 26-446) / 変異: F28G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2344, fadL, JW2341, ttr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P10384

-
非ポリマー , 6種, 803分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M NaOAc pH 5.5, 8.8 w/v PEG 2000 MME. Protein dialyzed in Tris buffer, C8E4 prior to setup, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月10日 / 詳細: OXFORD DANFYSIK TOROIDAL
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8486→39 Å / Num. all: 119844 / Num. obs: 119844 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.8486→1.88 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.818 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_572)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T16

1t16


解像度: 1.9→38.778 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1915 1834 1.66 %
Rwork0.1666 --
obs0.1671 110657 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.929 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4925 Å20 Å20 Å2
2--4.5023 Å20 Å2
3---0.0289 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6601 0 367 777 7745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09910048
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.392798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084998
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.95140.2621340.22668216X-RAY DIFFRACTION98
1.9514-2.00880.22581330.18958191X-RAY DIFFRACTION98
2.0088-2.07360.20231390.17248258X-RAY DIFFRACTION98
2.0736-2.14770.21041410.16338236X-RAY DIFFRACTION99
2.1477-2.23370.21360.16268296X-RAY DIFFRACTION99
2.2337-2.33540.17741380.15878314X-RAY DIFFRACTION99
2.3354-2.45850.18821460.15348322X-RAY DIFFRACTION99
2.4585-2.61250.20771440.15528390X-RAY DIFFRACTION100
2.6125-2.81410.18451450.15498432X-RAY DIFFRACTION100
2.8141-3.09720.17441390.15748439X-RAY DIFFRACTION100
3.0972-3.54510.1791460.15588499X-RAY DIFFRACTION100
3.5451-4.46550.16571470.16068553X-RAY DIFFRACTION100
4.4655-38.78610.21811460.18798677X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8140.42410.09811.36920.42170.48370.0194-0.04530.1775-0.0109-0.04210.0298-0.12260.0330.01730.16510.0041-0.01070.1804-0.03860.1309-27.2571-4.844124.0881
22.1636-0.4685-0.61614.7742.07534.7597-0.11770.0113-0.2065-0.0770.0317-0.14490.14190.01340.08090.071-0.00830.03110.13980.00780.1442-41.4612-42.22696.0836
30.9035-0.64310.15771.2829-0.32770.50720.01090.07840.22620.0076-0.0793-0.1311-0.18140.00370.05580.2003-0.0071-0.02590.18940.05180.1618-38.0166-3.5776-22.1983
42.47050.8768-0.64426.1465-3.99286.6324-0.1166-0.0278-0.17780.0620.08790.05670.0814-0.08110.02220.05980.01940.03030.1248-0.01470.1328-23.5755-41.6607-6.656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:159 or resid 195:427)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 160:194
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resid 1:159 or resid 195:425)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 160:194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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