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- PDB-3pc6: X-ray crystal structure of the second XRCC1 BRCT domain. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pc6
タイトルX-ray crystal structure of the second XRCC1 BRCT domain.
要素DNA repair protein XRCC1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair / BRCT domain / Protein:protein interactions / DNA ligase III-alpha BRCT2 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / oxidized DNA binding / telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / negative regulation of protein ADP-ribosylation ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / oxidized DNA binding / telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / negative regulation of protein ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose binding / positive regulation of single strand break repair / voluntary musculoskeletal movement / cerebellum morphogenesis / single strand break repair / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / response to hydroperoxide / site of DNA damage / : / hippocampus development / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / chromosome, telomeric region / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / DNA repair / chromatin / nucleolus / enzyme binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA-repair protein Xrcc1, N-terminal / XRCC1, first (central) BRCT domain / XRCC1 N terminal domain / BRCT domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily ...DNA-repair protein Xrcc1, N-terminal / XRCC1, first (central) BRCT domain / XRCC1 N terminal domain / BRCT domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein XRCC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Krahn, J.M. / London, R.E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: The structural basis for partitioning of the XRCC1/DNA ligase III-{alpha} BRCT-mediated dimer complexes.
著者: Cuneo, M.J. / Gabel, S.A. / Krahn, J.M. / Ricker, M.A. / London, R.E.
履歴
登録2010年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein XRCC1
B: DNA repair protein XRCC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1762
ポリマ－25,1762
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12040 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.230, 56.850, 100.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein XRCC1 / X-ray repair cross-complementing protein 1


分子量: 12588.151 Da / 分子数: 2 / 断片: XRCC1 second BRCT domain (unp residues 534-630) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Xrcc-1, Xrcc1 / プラスミド: pet21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3-RIL / 参照: UniProt: Q60596
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.6M NaFormate, 0.2M NaHEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月16日
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 20146 / Num. obs: 20146 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.973.50.23116681.178182.8
1.97-2.054.10.21718961.111193.8
2.05-2.144.90.19619971.151198.2
2.14-2.255.30.16220331.163199.6
2.25-2.395.60.13720381.069199.9
2.39-2.585.60.10420631.0861100
2.58-2.845.60.08420421.0081100
2.84-3.255.50.06120781.0411100
3.25-4.095.40.04321041.137199.9
4.09-505.10.03422271.121199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CDZ

1cdz


解像度: 1.9→37.625 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.8469 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 1033 5.14 %random
Rwork0.18 ---
obs0.1823 20081 97.35 %-
all-20081 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.968 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 87.94 Å2 / Biso mean: 27.3142 Å2 / Biso min: 9.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.5994 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.3794 Å2-0 Å2
3----8.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 0 0 182 1878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061831
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8632498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.095662
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.99930.29171350.2062328246385
1.9993-2.12460.21471450.18962655280097
2.1246-2.28860.25221380.17742754289299
2.2886-2.51890.26271570.189327492906100
2.5189-2.88330.22261670.193627712938100
2.8833-3.63210.20131520.163428282980100
3.6321-37.63250.20531390.171129633102100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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