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- PDB-3p5j: The structure of the human RNase H2 complex defines key interacti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p5j
タイトルThe structure of the human RNase H2 complex defines key interaction interfaces relevant to enzyme function and human disease
要素
  • Ribonuclease H2 subunit A
  • Ribonuclease H2 subunit B
  • Ribonuclease H2 subunit C
キーワードHYDROLASE/REPLICATION / RNase H2 fold / triple beta-barrel / Nuclease that cleaves RNA/DNA hybrids / Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) and RNA/DNA hybrids / nucleus / HYDROLASE-REPLICATION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleotide metabolic process / ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / regulation of DNA damage checkpoint / RNA catabolic process / ribonuclease H / mismatch repair / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of fibroblast proliferation / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...ribonucleotide metabolic process / ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / regulation of DNA damage checkpoint / RNA catabolic process / ribonuclease H / mismatch repair / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of fibroblast proliferation / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / gene expression / fibroblast proliferation / in utero embryonic development / negative regulation of gene expression / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A - #120 / N-terminal domain of TfIIb - #530 / Lipocalin - #680 / Ribonuclease H2, subunit C / Ribonuclease H2 non-catalytic subunit (Ylr154p-like) / Ribonuclease H2 subunit B, wHTH domain / Ribonuclease H2 subunit B / Rnh202, triple barrel domain / Ydr279p protein family (RNase H2 complex component) wHTH domain / Ydr279p protein triple barrel domain ...Histone, subunit A - #120 / N-terminal domain of TfIIb - #530 / Lipocalin - #680 / Ribonuclease H2, subunit C / Ribonuclease H2 non-catalytic subunit (Ylr154p-like) / Ribonuclease H2 subunit B, wHTH domain / Ribonuclease H2 subunit B / Rnh202, triple barrel domain / Ydr279p protein family (RNase H2 complex component) wHTH domain / Ydr279p protein triple barrel domain / Ribonuclease hii. Domain 2 / Ribonuclease H2, subunit A / Ribonuclease HII, helix-loop-helix cap domain superfamily / Ribonuclease (RNase) H type-2 domain profile. / Ribonuclease HII/HIII / Ribonuclease HII/HIII domain / Ribonuclease HII / Histone, subunit A / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Lipocalin / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease H2 subunit B / Ribonuclease H2 subunit C / Ribonuclease H2 subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bubeck, D. / Graham, S.C. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The structure of the mammalian RNase H2 complex provides insight into RNA.NA hybrid processing to prevent immune dysfunction.
著者: Shaban, N.M. / Harvey, S. / Perrino, F.W. / Hollis, T.
履歴
登録2010年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月12日Group: Other
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 0THIS ENTRY 3P5J REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R3KIOSF DETERMINED ...THIS ENTRY 3P5J REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R3KIOSF DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 3KIO: N.Shaban,D.Harvey,F.W.Perrino,T.Hollis.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H2 subunit A
B: Ribonuclease H2 subunit B
C: Ribonuclease H2 subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8903
ポリマ－88,8903
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)279.290, 40.420, 67.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease H2 subunit A / RNase H2 subunit A / Ribonuclease HI large subunit / RNase HI large subunit / Ribonuclease HI subunit A


分子量: 33547.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rnaseh2a, Rnasehi / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CWY8, ribonuclease H
#2: タンパク質 Ribonuclease H2 subunit B / RNase H2 subunit B / Deleted in lymphocytic leukemia 8 homolog / Ribonuclease HI subunit B


分子量: 37494.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rnaseh2b, Dleu8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80ZV0
#3: タンパク質 Ribonuclease H2 subunit C / RNase H2 subunit C / Ribonuclease HI subunit C


分子量: 17848.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rnaseh2c, Ayp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CQ18

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.88 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 3KIO.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 62.11 Å2

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.9.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→24.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: This is a re-refinement of the murine RNase H2 coordinates previously deposited by Shaban et al., 2010 (PDB ID 3KIO)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2716 925 5.2 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.2132 17777 --
原子変位パラメータBiso mean: 62.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.0671 Å20 Å20 Å2
2---4.4747 Å20 Å2
3----8.5923 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.405 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→24.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4016 0 0 0 4016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0114116HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.285614HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1269SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes68HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes630HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4116HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5485
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact46444
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 163 5.8 %
Rwork0.229 2649 -
all0.2326 2812 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1145-0.29480.71021.2523-0.52222.3424-0.0432-0.0372-0.12810.01490.0176-0.0206-0.06510.12220.02570.1858-0.0251-0.0022-0.2376-0.0287-0.30473.20079.682422.1632
25.93262.5634-0.11130.0013-0.38880.4014-0.0230.1306-0.1646-0.13360.02690.54420.0586-0.3411-0.004-0.304-0.0503-0.042-0.2907-0.08410.30422.3709-7.18933.4824
34.55190.21110.93063.62130.86951.56010.10050.2979-0.4617-0.1266-0.09830.54420.197-0.1822-0.00210.0704-0.0255-0.0155-0.2576-0.0167-0.168345.4622-2.77824.2073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A10 - 299
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B11 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C14 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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