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- PDB-6kex: Crystal structure of reduced phosphoribulokinase from Arabidopsis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kex
タイトルCrystal structure of reduced phosphoribulokinase from Arabidopsis thaliana
要素Phosphoribulokinase
キーワードTRANSFERASE / phosphoribulokinase reduced
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribulokinase / phosphoribulokinase activity / supramolecular complex / stromule / thylakoid / apoplast / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane ...phosphoribulokinase / phosphoribulokinase activity / supramolecular complex / stromule / thylakoid / apoplast / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / response to cold / chloroplast / disordered domain specific binding / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Phosphoribulokinase signature. / Phosphoribulokinase / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribulokinase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yu, A. / Xie, Y. / Li, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31770778 中国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2020
タイトル: Photosynthetic Phosphoribulokinase Structures: Enzymatic Mechanisms and the Redox Regulation of the Calvin-Benson-Bassham Cycle.
著者: Yu, A. / Xie, Y. / Pan, X. / Zhang, H. / Cao, P. / Su, X. / Chang, W. / Li, M.
履歴
登録2019年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribulokinase
B: Phosphoribulokinase
C: Phosphoribulokinase
D: Phosphoribulokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,0084
ポリマ－162,0084
非ポリマー00
水3,171176
1
A: Phosphoribulokinase
C: Phosphoribulokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0042
ポリマ－81,0042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphoribulokinase

D: Phosphoribulokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0042
ポリマ－81,0042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.835, 80.359, 103.087
Angle α, β, γ (deg.)70.100, 82.260, 89.850
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Phosphoribulokinase / PRKase / Phosphopentokinase


分子量: 40501.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g32060, T12O21.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25697, phosphoribulokinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.14 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4% v/v Tacsimate pH5.0, 12% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.33 Å / Num. obs: 50674 / % possible obs: 95.27 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / Rmerge(I) obs: 0.763 / Num. unique obs: 2506

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→49.33 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 --
Rwork0.2107 --
obs-49034 94.53 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10938 0 0 178 11116
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.589 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3608 --
Rwork0.2648 --
obs-4839 94.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.16072.2120.87898.80231.71522.0149-0.35130.3640.75340.39490.10910.8349-0.85260.20040.23610.5686-0.0139-0.18210.48260.1450.516-15.515819.4864-23.5565
21.03710.09990.5911.2431-0.61212.6454-0.11410.18290.1323-0.02770.0433-0.037-0.26160.15130.06640.2641-0.03130.00290.2787-0.00060.3353-19.429615.6643-21.6632
32.15581.55912.85434.29560.07285.031-0.19890.07180.51820.73520.1541-0.0229-0.810.22850.04360.7967-0.1699-0.0560.35520.03470.437-39.418658.4651-24.411
43.2597-1.0410.03261.502-1.71172.6699-0.03780.27560.33420.1198-0.1966-0.1376-0.29690.17490.21940.5315-0.0541-0.05810.3094-0.01260.2978-43.31560.0685-36.5166
53.2461-4.3178-2.06935.74722.58936.2706-0.2678-0.11870.04060.39740.49930.0952-0.55760.0023-0.22620.5058-0.00120.06340.41590.00830.4799-61.311762.1251-21.4546
60.8031-0.17960.25911.0157-0.67411.5029-0.0192-0.05140.07780.16570.04160.1119-0.1369-0.0735-0.02580.3868-0.0014-0.02990.214-0.01140.3885-46.163948.2818-10.0556
73.0092-0.3271-0.77243.17281.21067.22420.08860.01990.1443-0.3126-0.0061-0.1205-0.76320.446-0.08440.3718-0.059-0.06120.27090.07660.313-36.825451.3203-12.7401
82.94960.10340.49016.24362.11718.09610.08920.0285-0.6312-0.5311-0.07640.03250.5341-0.3811-0.0050.5790.0825-0.02060.33890.01150.363-28.405928.2813-69.6962
92.971-0.06421.58861.1534-1.74913.4710.10830.0268-0.2802-0.0852-0.05140.00160.3299-0.0441-0.0520.44360.05110.00350.2553-0.05710.3007-33.824926.7927-59.4871
101.09080.1594-0.65740.933-0.71622.2717-0.08390.0029-0.0813-0.02430.07270.02460.313-0.13870.00350.47080.0647-0.05470.2859-0.01990.4218-39.715134.762-80.3993
113.35370.36721.30753.85460.79986.95760.1120.1441-0.16730.25580.095-0.11350.67250.6626-0.2110.35110.09860.05710.34780.05920.3112-25.755235.3465-81.5745
122.3285-1.75350.35578.75241.28172.0114-0.224-0.5285-0.6364-0.39530.28650.27481.01720.1122-0.06990.52270.0150.11840.46520.03150.4516-3.869167.5639-70.2464
133.7272-0.11491.32062.7012-0.78283.2833-0.0183-0.6437-0.50860.4525-0.09180.03910.3353-0.21440.11650.4468-0.00040.04120.38690.060.3155-7.402466.9685-57.7361
142.71130.65180.58752.2498-0.41782.4240.0276-0.1943-0.19720.05940.08860.57430.3046-0.1563-0.13650.40440.06620.01390.3778-0.03280.5256-22.337869.6891-74.7949
151.9341-0.21270.0642.79480.33674.2965-0.04220.06080.0086-0.1437-0.01360.00370.34530.23770.05180.24350.01240.01580.25450.04930.2958-5.095676.2066-87.0423
164.57690.11171.78712.74370.38734.0250.1062-0.48520.08570.1375-0.0383-0.70340.06190.4828-0.05840.31730.0360.03470.46110.05990.43468.110576.3616-71.3464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 353 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 5 through 30 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 31 through 149 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 150 through 186 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 187 through 255 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 256 through 347 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 5 through 30 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 31 through 160 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 161 through 255 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 256 through 347 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 5 through 30 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 31 through 149 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 150 through 214 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 215 through 318 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 319 through 351 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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