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- PDB-3p01: Crystal structure of two-component response regulator from Nostoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p01
タイトルCrystal structure of two-component response regulator from Nostoc sp. PCC 7120
要素Two-component response regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / PSI-2 / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / MCSG / two-component response regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #340 / Helix Hairpins - #590 / GAF domain / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Helix Hairpins / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / GAF domain ...Beta-Lactamase - #340 / Helix Hairpins - #590 / GAF domain / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Helix Hairpins / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / GAF domain / CheY-like superfamily / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Beta-Lactamase / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Two-component response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Chang, C. / Mack, J. / Feldman, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of two-component response regulator from Nostoc sp. PCC 7120
著者: Chang, C. / Mack, J. / Feldman, B. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component response regulator
B: Two-component response regulator
C: Two-component response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8773
ポリマ－60,8773
非ポリマー00
水75742
1
A: Two-component response regulator

A: Two-component response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5852
ポリマ－40,5852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area2890 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
2
B: Two-component response regulator
C: Two-component response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5852
ポリマ－40,5852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.876, 111.876, 112.837
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Two-component response regulator


分子量: 20292.484 Da / 分子数: 3 / 断片: sequence database residues 134-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: alr5251 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q8YLP5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.27 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M HEPES pH 7.5, 10% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月9日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 24056 / Num. obs: 23979 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 72.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 41.8
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 1185 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / SU B: 27.283 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.305
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 1206 5.1 %RANDOM
Rwork0.2283 ---
all0.2303 23627 --
obs0.2303 23627 98.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 233.51 Å2 / Biso mean: 80.749 Å2 / Biso min: 26.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.63 Å21.31 Å20 Å2
2--2.63 Å20 Å2
3----3.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3892 0 0 42 3934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.9485389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5945519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.66926.098164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.70115638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.51517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212920
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9931.52604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.65724171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.00531337
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2094.51218
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.71633941
LS精密化 シェル解像度: 2.653→2.722 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 69 -
Rwork0.308 1593 -
all-1662 -
obs-1275 94.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.3983-2.74850.77710.79210.58351.71540.35320.2272-0.0327-0.0621-0.12180.02490.1369-0.0829-0.23140.27580.0139-0.10510.1990.04820.48-14.695494.512514.5104
20.3411-0.1584-0.67361.20510.03761.4357-0.0084-0.01430.0265-0.03790.0635-0.1241-0.02540.0895-0.05510.2872-0.01190.01920.2137-0.0050.21538.770189.20753.6404
36.3244-12.65321.835325.3457-3.61980.63790.2758-0.1430.3198-0.8872-0.0911-0.6390.5363-0.2677-0.18461.4791-0.75270.02220.60040.12320.1473-14.807251.286922.8756
42.6447-0.8605-0.99412.0034-1.11621.58910.0921-0.47270.09250.34060.15570.147-0.37590.1777-0.24780.3936-0.11230.08610.2674-0.04690.2415-30.672773.943319.5506
50.34132.6187-1.035420.3095-7.83373.22490.1837-0.0668-0.07711.187-0.4682-0.4844-0.24140.18760.28440.4747-0.1025-0.14210.17790.02540.1909-9.781252.713513.299
60.34020.32470.35020.31190.31640.9290.1317-0.0182-0.02110.1352-0.0302-0.00760.18370.0387-0.10150.3816-0.0211-0.01080.19480.00290.2001-8.872167.0087-5.7423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A142 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2A160 - 313
3X-RAY DIFFRACTION3B142 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4B160 - 313
5X-RAY DIFFRACTION5C142 - 159
6X-RAY DIFFRACTION6C160 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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