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- PDB-3oni: Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oni
タイトルCrystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the inhibitor JQ1
要素Bromodomain containing 2, isoform CRA_a
キーワードCELL CYCLE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Bromodomain / Inhibition / Probe
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly ...histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JQ1 / NICKEL (II) ION / Bromodomain-containing protein 2 / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Fedorov, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bradner, J.E. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Selective inhibition of BET bromodomains.
著者: Filippakopoulos, P. / Qi, J. / Picaud, S. / Shen, Y. / Smith, W.B. / Fedorov, O. / Morse, E.M. / Keates, T. / Hickman, T.T. / Felletar, I. / Philpott, M. / Munro, S. / McKeown, M.R. / Wang, Y. ...著者: Filippakopoulos, P. / Qi, J. / Picaud, S. / Shen, Y. / Smith, W.B. / Fedorov, O. / Morse, E.M. / Keates, T. / Hickman, T.T. / Felletar, I. / Philpott, M. / Munro, S. / McKeown, M.R. / Wang, Y. / Christie, A.L. / West, N. / Cameron, M.J. / Schwartz, B. / Heightman, T.D. / La Thangue, N. / French, C.A. / Wiest, O. / Kung, A.L. / Knapp, S. / Bradner, J.E.
履歴
登録2010年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain containing 2, isoform CRA_a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0756
ポリマ－13,3751
非ポリマー7005
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Bromodomain containing 2, isoform CRA_a
ヘテロ分子

A: Bromodomain containing 2, isoform CRA_a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,15012
ポリマ－26,7512
非ポリマー1,39910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.600, 71.710, 31.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-456-

NI

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain containing 2, isoform CRA_a / Putative uncharacterized protein DKFZp313H139


分子量: 13375.410 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 224-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, DKFZp313H139, hCG_17503 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q658Y7, UniProt: P25440*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-JQ1 / (6S)-6-(2-tert-butoxy-2-oxoethyl)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6,7-dihydrothieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-10-ium


分子量: 457.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26ClN4O2S
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% Jeffamine600, 0.5M CsCl, 5% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 10 / 数: 54515 / Rsym value: 0.055 / D res high: 1.609 Å / D res low: 27.32 Å / Num. obs: 16213 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.0927.3298.810.0310.0313.2
3.65.0910010.0320.0323.4
2.943.610010.040.043.5
2.552.9410010.0450.0453.5
2.282.5510010.050.053.5
2.082.2810010.060.063.4
1.922.0810010.0850.0853.4
1.81.9210010.1250.1253.4
1.71.810010.1790.1793.3
1.611.79710.240.243.1
反射解像度: 1.61→29.16 Å / Num. all: 16295 / Num. obs: 16213 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.61-1.73.10.242.6700822480.2497
1.7-1.83.30.1793.6734222000.179100
1.8-1.923.40.1255.3707420970.125100
1.92-2.083.40.0857.7658319300.085100
2.08-2.283.40.0611624118150.06100
2.28-2.553.50.0513.2565216380.05100
2.55-2.943.50.04514.3505214580.045100
2.94-3.63.50.0414.7431912500.04100
3.6-5.093.40.03217.333729870.032100
5.09-27.323.20.03116.518725900.03198.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 29.42 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å27.32 Å
Translation2.5 Å27.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ensemble of 3HMH, 2NXB, 2OO1, 2OSS, 2OUO, 2RFJ, 3DAI, 3D7C, 3DWY

3hmh

2nxb

2oo1

2oss

2ouo

2rfj

3dai

3d7c

3dwy


解像度: 1.61→29.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.1778 / WRfactor Rwork: 0.145 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9219 / SU B: 1.988 / SU ML: 0.039 / SU R Cruickshank DPI: 0.0793 / SU Rfree: 0.0822 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1837 829 5.1 %RANDOM
Rwork0.1485 ---
all0.1502 16272 --
obs0.1502 16171 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.26 Å2 / Biso mean: 13.0347 Å2 / Biso min: 4.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数903 0 41 174 1118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022989
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7241.9951335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5293.0011665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0615109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.10823.26549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25415174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.234157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7393558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5283215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9055902
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7548431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.72911433
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.652 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 64 -
Rwork0.314 1007 -
all-1071 -
obs--92.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30310.2146-0.08960.7529-0.08410.0543-0.003-0.0079-0.00260.01510.0004-0.02420.00970.02250.00270.0320.00090.00120.0325-0.00110.027540.348633.308-1.4524
20.4282-0.14870.24940.1594-0.26531.43150.0127-0.00720.04780.0535-0.03180.01230.07730.02080.0190.06-0.00280.00040.0251-0.00050.018836.140728.63339.6268
30.70590.06950.02420.411-0.20830.01330.00280.0139-0.001-0.02390.01390.01930.00590.0002-0.01670.0408-0.00370.00210.0317-0.00050.027531.684935.1712-5.6671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A346 - 399
2X-RAY DIFFRACTION2A400 - 417
3X-RAY DIFFRACTION3A418 - 455

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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