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万見
- PDB-3ojd: Anti-Indolicidin monoclonal antibody V2D2 (Fab fragment) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ojd
タイトルAnti-Indolicidin monoclonal antibody V2D2 (Fab fragment)
要素(Fab V2D2) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Beta-sandwich Immunoglobulin fold / Antigen binding / Secreted protein / anti-indolicidin Fab / surrogate receptor
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lomash, S. / Salunke, D.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: An antibody as surrogate receptor reveals determinants of activity of an innate immune peptide antibiotic
著者: Lomash, S. / Nagpal, S. / Salunke, D.M.
履歴
登録2010年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab V2D2
B: Fab V2D2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8142
ポリマ－47,8142
非ポリマー00
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.190, 63.71, 164.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab V2D2


分子量: 23415.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Light chain / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: B-cells / 器官: Spleen / 株: BALB/c
#2: 抗体 Fab V2D2


分子量: 24398.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Heavy chain / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: B-cells / 器官: Spleen / 株: BALB/c
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 10% PEG 1000, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER CMF12 38Cu-6 (Osmic Inc.)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 31660 / Num. obs: 28494 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
CNS1.3精密化
AUTOMARデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YMH

1ymh


解像度: 2→41.5 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.236 2856 RANDOM
Rwork0.205 --
all0.206 28434 -
obs-25578 -
原子変位パラメータBiso mean: 23.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.69 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3----0.85 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3353 0 0 388 3741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 689 -
Rwork0.262 --
obs-6612 77.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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