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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3odg | ||||||
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タイトル | crystal structure of xanthosine phosphorylase bound with xanthine from Yersinia pseudotuberculosis | ||||||
要素 | Xanthosine phosphorylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Purine Nucleoside Phosphorylase / purine nucleoside binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J. / Ramagopal, U.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: crystal structure of xanthosine phosphorylase bound with xanthine from Yersinia pseudotuberculosis 著者: Kim, J. / Ramagopal, U.A. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3odg.cif.gz | 125.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3odg.ent.gz | 97.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3odg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/3odg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/3odg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1yqqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30942.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) 遺伝子: pndA, xapA, YPTB1201 / プラスミド: LIC-PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q66D48, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-XAN / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl PH 8.5, 0.2M Sodium Acetate, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月9日 |
放射 | モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→48.24 Å / Num. all: 31965 / Num. obs: 31056 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 24.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2550 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 81.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1YQQ 解像度: 1.64→48.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.259 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.427 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→48.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.639→1.682 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -28.102 Å / Origin y: -19.958 Å / Origin z: -0.107 Å
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