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- PDB-3o8i: Structure of 14-3-3 isoform sigma in complex with a C-Raf1 peptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o8i
タイトルStructure of 14-3-3 isoform sigma in complex with a C-Raf1 peptide and a stabilizing small molecule fragment
要素
  • 14-3-3 binding site peptide of RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
  • 14-3-3 protein sigma
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Protein-Protein Complex / 14-3-3 / Protein-protein interaction / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / regulation of Rho protein signal transduction / type B pancreatic cell proliferation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs ...death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / regulation of Rho protein signal transduction / type B pancreatic cell proliferation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs / GP1b-IX-V activation signalling / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of epidermal cell differentiation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / keratinocyte development / keratinization / pseudopodium / face development / regulation of cell-cell adhesion / regulation of cell differentiation / thyroid gland development / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of protein-containing complex assembly / Schwann cell development / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / response to muscle stretch / myelination / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of cell adhesion / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / adenylate cyclase activator activity / thymus development / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Stimuli-sensing channels / wound healing / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Negative regulation of MAPK pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / intracellular protein localization / insulin receptor signaling pathway / MAPK cascade / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / regulation of cell cycle / positive regulation of MAPK cascade / cadherin binding / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / 14-3-3 domain / : / Delta-Endotoxin; domain 1 / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / 14-3-3 domain / : / Delta-Endotoxin; domain 1 / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / 14-3-3 protein sigma / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
6,6-dihydroxy-1-methoxyhexan-2-one / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ottmann, C. / Rose, R. / Kaiser, M. / Kuhenne, P.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2010
タイトル: Impaired Binding of 14-3-3 to C-RAF in Noonan Syndrome Suggests New Approaches in Diseases with Increased Ras Signaling
著者: Molzan, M. / Schumacher, B. / Ottmann, C. / Baljuls, A. / Polzien, L. / Weyand, M. / Thiel, P. / Rose, R. / Rose, M. / Kuhenne, P. / Kaiser, M. / Rapp, U.R. / Kuhlmann, J. / Ottmann, C.
履歴
登録2010年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 binding site peptide of RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1893
ポリマ－28,0262
非ポリマー1621
水2,936163
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 binding site peptide of RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 binding site peptide of RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3776
ポリマ－56,0534
非ポリマー3242
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.310, 114.860, 64.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Stratifin / Epithelial cell marker protein 1


分子量: 26818.242 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / プラスミド: pProEX-Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド 14-3-3 binding site peptide of RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 1208.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized Phospho-Peptide / 参照: UniProt: P04049
#3: 化合物 ChemComp-M1T / 6,6-dihydroxy-1-methoxyhexan-2-one


分子量: 162.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.095M HEPES Na, 26.6%(v/v) PEG400, 0.19M CaCl2, 5%(v/v) Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月11日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator (horizontal) and Dynamically bendable mirror (vertical)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 21324 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.855 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.37
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.30.4290.3494.130160724372210.499.7
2.3-2.80.1750.1449.425914621561990.16599.7
2.8-3.50.070.06419.415807381738060.07399.7
3.5-40.0320.04131.65492134413400.04699.7
4-50.0240.03336.45321133413260.03799.4
5-100.0210.02637.44965127312690.0399.7
10-150.0160.02140.84281401300.02592.9
15-200.0220.02338.510537330.02889.2
2031

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ProDCデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IQU

3iqu


解像度: 2→19.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 1067 5 %RANDOM
Rwork0.1851 ---
obs0.1877 21324 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.42 Å2 / Biso mean: 29.5154 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.33 Å20 Å20 Å2
2---1.65 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1785 0 11 163 1959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0221900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8011.9852570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4615240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.20124.54588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75415.042354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7251514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5861.51176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59321894
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0583724
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2634.5675
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.75631900
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 77 -
Rwork0.226 1464 -
all-1541 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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