PDB-3o7w: The Crystal Structure of Human Leucine Carboxyl Methyltransferase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o7w

タイトル

The Crystal Structure of Human Leucine Carboxyl Methyltransferase 1

要素

Leucine carboxyl methyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / Modified Rossmann fold / PP2A

機能・相同性

機能・相同性情報

protein C-terminal carboxyl O-methyltransferase activity / C-terminal protein methylation / [phosphatase 2A protein]-leucine-carboxy methyltransferase / protein C-terminal leucine carboxyl O-methyltransferase activity / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / protein methylation / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tsai, M.L. / Cronin, N. / Djordjevic, S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: The structure of human leucine carboxyl methyltransferase 1 that regulates protein phosphatase PP2A
著者: Tsai, M.L. / Cronin, N. / Djordjevic, S.

履歴

登録	2010年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2010年9月8日	ID: 3MNT
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o7w.cif.gz	135 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o7w.ent.gz	105.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o7w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3o7w_validation.pdf.gz	718.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o7w_full_validation.pdf.gz	723 KB	表示
XML形式データ	3o7w_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	3o7w_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o7w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3f7d-d 3frx-4 1scw-d 3px9-d 6mod-d 1iki-d 1sde-d 3px8-d 7cp0-1 1fiz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Leucine carboxyl methyltransferase 1

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.086, 63.296, 81.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Leucine carboxyl methyltransferase 1 / Protein-leucine O-methyltransferase 分子量: 33910.938 Da / 分子数: 1 断片: UNP residues 23-334 with deletion of residues 233-258 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCMT1, LCMT, CGI-68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UIC8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M Ammonium Sulfate, 0.05M Bis Tris (pH6.5), 30% Pentaerythritol Ethoxylate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射	モノクロメーター: Varimax VHF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→17.53 Å / Num. all: 17779 / Num. obs: 17062 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→17.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 8.179 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26495	862	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20477	-	-	-
all	0.20783	16072	-	-
obs	0.20783	16072	95.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.792 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→17.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2281	0	34	138	2453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	1.987	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.423	5	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.92	24.128	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.249	15	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.745	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.925	1.5	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.59	2	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.927	3	948
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.35	4.5	910

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.465	52	-
R_work	0.271	1117	-
obs	-	-	90.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	19.5302	2.434	13.7584	8.9752	-4.7205	15.9073	-0.265	0.6321	-0.2423	-0.8685	-0.2235	-1.146	-0.2174	0.5229	0.4885	0.2568	0.0285	0.1538	0.1851	0.0092	0.2967	31.774	-7.449	8.024
2	0.3023	0.1482	-0.9425	3.1226	0.9495	2.6142	-0.0326	-0.017	-0.0292	0.1722	0.0571	0.0851	0.0869	-0.0036	-0.0245	0.1182	0.0379	0.0411	0.1963	0.0681	0.1837	19.222	-9.345	10.905
3	1.0876	-0.9219	1.4417	2.2164	-0.9137	4.8592	-0.0955	-0.215	-0.1175	0.1962	0.0951	0.0218	-0.2093	-0.3801	0.0003	0.1384	-0.0087	0.0102	0.2356	-0.0083	0.1049	19.874	3.425	5.6
4	1.2494	-0.1589	-0.2453	2.2331	0.5295	1.0025	-0.0139	0.0569	-0.1441	0.0354	-0.0388	0.232	0.0283	-0.1089	0.0527	0.0988	-0.008	-0.0037	0.1774	-0.0014	0.1101	17.655	-6.345	-6.13
5	4.2014	1.0707	0.6357	4.1156	-3.3414	3.1578	0.0649	0.0421	-0.3108	-0.02	-0.1533	-0.1665	0.102	0.0701	0.0884	0.1502	-0.0407	0.0241	0.1868	-0.0067	0.2004	14.106	-18.872	-2.243
6	11.5469	5.0903	5.0215	11.4101	-3.4687	5.2728	0.2771	-0.4812	0.1427	-0.0736	-0.3049	0.2077	0.2217	-0.1054	0.0278	0.0683	-0.0221	-0.0327	0.1649	0.0438	0.1224	6.827	-16.712	-12.381
7	53.7321	28.2467	5.9021	21.5014	7.1178	0.6954	-1.1393	1.3655	-3.4438	-0.3632	1.6502	-1.8683	0.0769	0.5956	-0.511	0.2928	0.0851	-0.1404	0.4688	-0.1296	0.5437	20.211	-20.352	-12.846
8	2.5043	0.5481	0.5187	1.3165	-0.8642	0.8527	0.0765	-0.0152	-0.4125	-0.1117	0.0311	-0.0339	0.0566	-0.0059	-0.1075	0.1439	-0.0038	-0.0308	0.1822	-0.031	0.151	22.506	-10.277	-12.297
9	1.1694	0.1705	0.5638	1.4899	0.5335	1.3341	-0.0037	0.1312	-0.0962	-0.1199	-0.0048	-0.0509	-0.0152	0.0481	0.0085	0.1246	-0.0049	0.0057	0.1794	0.0112	0.0652	27.579	0.171	-13.541
10	2.5072	1.9607	-2.005	0.9756	-0.9832	9.1692	-0.0849	-0.1657	-0.4434	-0.0492	-0.0599	-0.3521	0.1926	0.7233	0.1448	0.1303	0.0364	-0.0344	0.2257	-0.0104	0.2017	36.739	10.424	-1.331
11	1.9252	1.1204	-1.4493	0.7945	-1.1581	2.5392	0.052	-0.0644	0.0584	0.092	-0.0406	0.011	-0.4383	0.12	-0.0114	0.1726	0.0015	-0.0136	0.1656	0.0122	0.0433	27.738	12.6	-1.962
12	2.4752	-1.5557	1.0109	8.5303	-4.6164	6.5464	0.0182	-0.2738	0.1568	0.3993	-0.0473	0.2012	-0.3464	0.1729	0.0291	0.1518	0.0117	0.0629	0.1627	-0.0146	0.0817	16.197	7.816	15.574
13	90.2818	50.5727	4.6849	18.8681	1.4715	-6.2387	-0.1313	-0.3775	0.3068	0.4926	-0.0654	-0.1368	-0.138	-0.1708	0.1966	0.8199	0.1342	-0.0816	0.9596	-0.1926	0.7836	27.555	6.196	25.424
14	2.8011	-1.4517	4.1336	1.7589	-3.669	19.6286	0.2503	-0.2182	-0.1243	0.1802	0.1713	-0.0118	-0.1149	0.4964	-0.4216	0.1385	-0.042	-0.0419	0.1516	-0.0123	0.0461	29.362	9.209	5.019
15	11.6236	-2.9183	12.6949	6.8375	-5.3381	27.9938	-0.3288	-0.2701	0.6749	-0.0627	0.0394	0.0125	-1.5723	-0.2875	0.2894	0.1735	0.0228	0.0483	0.101	-0.0754	0.1305	17.017	15.115	-9.527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	29 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	60 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	88 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	130 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	144 - 151
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	152 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	159 - 173
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	174 - 227
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	228 - 234
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	259 - 261
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	262 - 275
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	276 - 281
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	282 - 298
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	299 - 309

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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