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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o7i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase from Klebsiella pneumoniae | ||||||
要素 | OHCU decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / decarboxylase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | French, J.B. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structural and Mechanistic Studies on Klebsiella pneumoniae 2-Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline Decarboxylase. 著者: French, J.B. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o7i.cif.gz | 83.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o7i.ent.gz | 62 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o7i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3o7i_validation.pdf.gz | 434.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3o7i_full_validation.pdf.gz | 435.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3o7i_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3o7i_validation.cif.gz | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o7i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20833.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) 株: ATCC 700721 / 遺伝子: KPN78578_16350, KPN_01665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6T925 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.44 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG-3000, 0.2 M calcium acetate, pH 7.0 Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 49900 / Num. obs: 49800 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 28.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 2462 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.5→29.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 1.364 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.786 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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