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- PDB-3o7i: Crystal structure of 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazolin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o7i
タイトルCrystal structure of 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase from Klebsiella pneumoniae
要素OHCU decarboxylase
キーワードLYASE / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process
類似検索 - 分子機能
2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, type 2 / UraD-like / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase superfamily / OHCU decarboxylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者French, J.B. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural and Mechanistic Studies on Klebsiella pneumoniae 2-Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline Decarboxylase.
著者: French, J.B. / Ealick, S.E.
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OHCU decarboxylase
B: OHCU decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6672
ポリマ－41,6672
非ポリマー00
水11,764653
1
A: OHCU decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8331
ポリマ－20,8331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: OHCU decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8331
ポリマ－20,8331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.179, 88.179, 40.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 OHCU decarboxylase


分子量: 20833.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: ATCC 700721 / 遺伝子: KPN78578_16350, KPN_01665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6T925
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG-3000, 0.2 M calcium acetate, pH 7.0 Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 49900 / Num. obs: 49800 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 2462 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.5→29.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 1.364 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 2527 5.1 %RANDOM
Rwork0.20543 ---
obs0.20663 47279 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.786 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2296 0 0 653 2949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0212335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8241.9723148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9545295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41223.103116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.3315412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9531530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1961.51478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.41622327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7483857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3274.5821
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 185 -
Rwork0.228 3491 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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