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万見
- PDB-1r5p: Crystal Structure Analysis of KaiB from PCC7120 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r5p
タイトルCrystal Structure Analysis of KaiB from PCC7120
要素circadian oscillation regulator
キーワードGENE REGULATION / ALPHA-BETA MEANDER / PROTEIN DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


circadian rhythm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Circadian clock protein KaiB / Circadian clock protein KaiB-like / KaiB domain / KaiB domain / KaiB / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Circadian clock oscillator protein KaiB
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Garces, R.G. / Wu, N. / Gillon, W. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Anabaena circadian clock proteins KaiA and KaiB reveal a potential common binding site to their partner KaiC
著者: Garces, R.G. / Wu, N. / Gillon, W. / Pai, E.F.
履歴
登録2003年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: circadian oscillation regulator
B: circadian oscillation regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5822
ポリマ－24,5822
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
2
A: circadian oscillation regulator
B: circadian oscillation regulator

A: circadian oscillation regulator
B: circadian oscillation regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1654
ポリマ－49,1654
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6520 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.755, 36.387, 54.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-123-

HOH

21A-135-

HOH

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要素

#1: タンパク質 circadian oscillation regulator / KaiB


分子量: 12291.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: KaiB / プラスミド: pET32 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8YT41
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
22001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-ID-B11
シンクロトロンAPS 14-ID-B20.95705, 0.97943, 0.97971
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月21日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.957051
30.979431
40.979711
反射解像度: 2.2→60 Å / Num. obs: 10484 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2
反射 シェル解像度: 2.2→2.44 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→25.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 554402.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 602 5.9 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs-10159 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 81.8366 Å2 / ksol: 0.415646 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.26 Å20 Å21.08 Å2
2--19.25 Å20 Å2
3----12.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1452 0 0 67 1519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.722.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 138 8.4 %
Rwork0.229 1506 -
obs--95.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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