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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o4v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli MTA/SAH nucleosidase in complex with (4-Chlorophenyl)thio-DADMe-ImmA | ||||||
要素 | MTA/SAH nucleosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / mixed alpha/beta dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 toxic metabolite repair / purine deoxyribonucleoside catabolic process / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Siu, K.K.W. / Howell, P.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of E. coli MTA/SAH nucleosidase in complex with (4-Chlorophenyl)thio-DADMe-ImmA 著者: Siu, K.K.W. / Howell, P.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o4v.cif.gz | 110.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o4v.ent.gz | 85.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o4v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3o4v_validation.pdf.gz | 1014.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3o4v_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3o4v_validation.xml.gz | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3o4v_validation.cif.gz | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o4v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24612.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mtn, pfs / プラスミド: pPROEX HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: D3QWG1, UniProt: P0AF12*PLUS, adenosylhomocysteine nucleosidase, methylthioadenosine nucleosidase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-IPA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 60 mM Sodium acetate, pH 4.6, 35% (v/v) isopropanol, vapor diffusion, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.542 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月20日 / 詳細: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: CONFOCAL MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→32.93 Å / Num. obs: 46533 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.31 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 29.5 / Scaling rejects: 30157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→21.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.83 Å2 / Biso mean: 14.5508 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→21.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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